هر ساله «نیچر ایندکس» به رتبه بندی کشورها در سراسر جهان بر پایه دستاوردهای پژوهشی آنها در سال گذشته که کیفیت بالایی دارند، می پردازد. دانستن این امر مهم است که این رتبه بندی بر پایه بخش محدودی ا ز دستاوردهای پژوهشی کشورها انجام می شود و برای درک بهتر جایگاه کشورها باید نظام های رتبه بندی دیگر نیز مرور شود. نیچر ایندکس با روش شمارش تعداد مقاله¬های پدیدآوران در نشریه¬های نمایه شده¬اش، امکان سنجه کلیدی فراهم می¬آورد. این سه سنجه عبارتند از : 1.شمارمقاله¬ها (Article Count) یا AC. یعنی شمار مقاله¬های منتشر شده در نشریه¬ها، بدون توجه به شمار پدیدآوران؛ 2. شمار کسری (fractional Count) یا FC. سهم مشارکت هر پدیدآور در نگارش یک مقاله را محاسبه می¬کند. کل امتیاز شمار کسری یک مقاله برابر یک است. یعنی اگر 10 نفر در نگارش یک مقاله شرکت کرده باشند، شمار کسری هر پدیدآور برابر با یک دهم است؛ 3. شمار کسر وزنی (Weighted Fractional Count) یا WFC. که به شمار کسری، وزن اختصاص می¬دهد. شمار کسری وزنی، ویرایش اصلاح شده شمار کسری است. در حوزه¬های ستاره شناسی و اختر فیزیک به دلیل آنکه حجم انتشارات نسبت به دیگر حوزه¬ها در نمایه «نیچر» بیشتر است، به انتشارات این حوزه وزن داده می شود تا تاثیرشان کمتر شود. دبیر خانه کارگروه علم سنجی دانشگاه ضمن رصد و بازیابی اطلاعات ارائه شده در نیچر، به جایگاه دانشگاه بوعلی سینا در این رتبه بندی پرداخته است. بر اساس اطلاعات استخراجی همین پایگاه و بر مبنی مقالات نمایه شده و شاخص¬های توضیح داده شده، دانشگاه بوعلی سینا در رتبه بندی کلی دانشگاه-های جهان، در رتبه 1682 قرار گرفته است. اما در میان دانشگاه¬های ایرانی و در دو حوزه موضوعی نیز صاحب رتبه است. نویسندگان دانشگاه بوعلی سینا با انتشار مقالاتی که در مجلات تحت نمایه نیچر ایندکس قرار دارند در حوزه موضوعی Earth & Environmental Science رتبه 3 و در حوزه موضوعی فیزیکPhysical Science رتبه 13 کشور را برای دانشگاه بوعلی سینا کسب کرده¬اند.