Gholam Khodakaramian

هدف اين مطالعه جداسازي و شناسايي استرين‎هاي Streptomycesاز رايزوسفر گياهان دارويي در سطح استان همدان و بررسي توانايي آن‎ها در توليد تركيبات ضد ميكروبي و فعاليت Quorum quenching آنها است. طي اين تحقيق در مجموع، 363 استرين مختلف Streptomycesاز رايزوسفر 51 گونه گياه دارويي مختلف جداسازي شد. بر اساس غربالگري اوليه و ثانويه جهت بررسي فعاليت ضد‎ميكروبي استرين‎ها در تقابل با باكتري‎هاي بيماريزاي گرم مثبت و گرم منفي، در نهايت هفت استرين انتخاب شدند. شناسايي استرين‎ها بر اساس مورفولوژي ‎ و توالي ژن 16S rRNA انجام شد. آناليزهاي متابولوميكس و پروتئوميكس استرين‎ها با استفاده از طيف سنجي جرمي انجام شد. بر اساس آناليزهاي متابولوميكس سيدروفورهاي Streptobactin، Tribenarthin و آنتي‎بيوتيك Streptothricin D شناسايي شدند. بر اساس آناليزهاي پروتئوميكس پروتئين‎هاي مرتبط با خوشه‎هاي ژني سنتزكننده تركيبات Streptobactin،Lidamycin ،Streptothricin ، Streptomycin ، Formicamycinو Terpentecinشناسايي شدند. همچنين توانايي Quorum quenching استرين‎هاي Streptomycesنيز با استفاده از تست‎هاي زيست‎سنجي، طيف سنجي جرمي و آناليزهاي پروتئوميكس انجام شد. توانايي استرين‎ها در تجزيه سيگنال‎هاي C6-HSL و C8-HSL و توليد آنزيم‎هاي Acyl-homoserine-lactone acylase تاييد شد. طبق نتايج اين تحقيق براي اولين بار توليد Streptobactinتوسط يك استرين خاكزي Streptomyces گزارش شد

پژوهش ها نشان داده كه باكتري هاي اندوفيت تركيبات بيولوژيكي گوناگوني توليد مي كنند و به همين روي كنجكاوي فراواني در ميان پژوهشگران برانگيخته اند. همين پژوهش ها نشان داده كه باكتري هاي گرام مثبت و گرام منفي فراوانترين اندوفيت هاي گياهي هستند كه از يك سو مي توانند درهمه گياهان مانند گياهان دارويي متابوليت هاي كنشگر زيستي توليد كنند و از سويي ديگرتوليد متابوليت ثانويه توسط گياهان ميزبان خود را القا كنند. در اين راستا مي توان تركيبات كنشگر زيستي اندوفيت هاي باكتريايي را شناسايي كرد و برخي از آن ها را براي مبارزه با بيماري هاي گياهي در همه گياهان و گياهان دارويي به كار برد. براي رسيدن به چنين هدفي، در اين پژوهش اندوفيت هاي باكتريايي از گياه دارويي مرزه خوزستاني (Satureja khuzestanica) جداسازي، شناسايي و كنشگري زيستي آن ها بررسي شد. در بخشي ديگراز اين پژوهش شيره هاي خام باكتريايي داراي متابوليت هاي ثانويه باكتري هاي اندوفيت برگزيده، براي بررسي كنشگري زيستي، ويژگي باكتري ستيزي و شناسايي، با كاربرد كروماتوگرافي گازي طيف سنجي جرمي (GC - MS) مورد سنجش قرار گرفتند. در اين پژوهش 57 استرين باكتريايي اندوفيت جداسازي شدند كه بر پايه غربالگري هاي انجام شده، 16 جنس و گونه كه بيشترين بازدارندگي را در برابر باكتري هاي بيماري زا داشتند براي شناسايي متابوليت و سكونس برگزيده شدند. در اين پژوهش براي شناسايي استرين هاي باكتريايي داراي كنشگري زيستي در برابر بيمارگرهاي باكتريايي، سكونسينگ ژن كد كننده 16SrRNA به كار گرفته شد. شناسايي باكتري هاي برگزيده مورد آزمايش با بررسي ويژگي هاي فنوتيپي به روش هاي استاندارد باكتري شناسي و سكونس ژن رمزنگار 16SrRNA انجام شد. داده هاي به دست آمده اين بخش پژوهش نشان داد كه اين باكتري ها گونه هاي Priestia aryabhattai M21O ، Bacillus megaterium MR60، Pseudomonas psychrotolerans M15O ، Streptomyces cavourensis MON123 ، Pseudomonas oryzihabitans strain MON 01، Bacillus megaterium MON 02، Pseudomonas fluorescens MON 06، Pseudomonas gessardii MON 07، Pseudomonas azotoformans MON 05، Lysobacter soli MON 03، Pantoea agglomerans MO106، Pantoea alhagi MO100 ، Bradyrhizobium sp. MO107 ، Paenibacillus polymyxa MO101، Burkholderia seminalis MO105 و Azospirillum sp. MO108 ه

تثبيت نيتروژن بر پايه همزيستي ريزوبيا و لگوم ها پس از فتوسنتز دومين فرآيند بيولوژيكي مهم روي زمين است. براي شناسايي و بررسي تنوع ژنتيكي باكتري هاي گره زاي بادام زميني، ماش، نخود فرنگي، سويا و شنبليله در سال هاي 1397 و 1398 از مزارع 13 استان ايران نمونه برداري و 222 استرين باكتريايي از گره هاي ريشه گياهان مزبور جدا و خالص شد. درگام نخست آزمون گره زايي با اضافه كردن سوسپانسيون باكتري خالص به بستر بذور جوانه زده انجام شد. نتايج آزمون گره زايي نشان داد كه بيشتر استرين هاي جدا شده از شنبليله و نخودفرنگي گره زا بودند اما استرين هاي جدا شده از سويا، ماش و بادام زميني داراي اين توانايي نبودند. در استرين هاي سويا، ماش و بادام زميني ژن هاي مسئول گره زايي و تثبيت نيتروژن شامل nodC و nifH در آزمون زنجيره اي پليمراز (PCR) باند دي ان آ توليد نكردند. براي بررسي تنوع ژنتيكي و گروه بندي استرين هاي باكتريايي جدا شده از گياهان مورد بررسي از روش rep-PCR استفاده شد. با استفاده از اين روش استرين هاي شنبليله، نخودفرنگي و سويا در سطح تشابه 70 درصد به ترتيب به هفت، پنج و نُه گروه تقسيم شدند. اين آزمون نشان داد كه استرين هاي جدا شده از ماش و بادام زميني داراي تنوع بسيار بالايي هستند به گونه اي كه گروه-بندي آن ها ممكن نبود. بر اساس شكل و رنگ كلني، الكتروفورز پروتئين هاي محلول سلولي، توالي 16S rRNA، توالي ژن هاي خانه داري recA و atpD و ژن هاي همزيستي nodC و nifH، بيشتر استرين هاي شنبليله و نخودفرنگي از گروه ريزوبيا و استرين هاي سويا از گروه آگروباكتريا بودند. همين نتايج نشان داد كه استرين هاي ماش و بادام-زميني وابسته به باكتري هاي اندوفيت غيرهمزيست از چند گروه باكتريايي مختلف هستند. آناليز فيلوژنتيكي توالي ژن هاي recA و atpD در استرين هاي جدا شده از شنبليله نشان داد كه نماينده استرين هاي شش گروه آناليز اثر انگشت ژنومي ERIC و BOX در اين گياه (T3، T12، T20، T32، T67 و T78) با Ensifer meliloti USDA 1002T در يك خوشه قرار گرفتند و وابسته به اين گونه بودند. استرين T22 (نماينده گروه B آناليز اثر انگشت ژنومي ERIC و (BOX يك شاخه مستقل را تشكيل داد كه از نظر فيلوژنتيكي با E. meliloti USDA 1002T وE. kummerowiae CCBAU 71714T هم فاصله بود كه مي تواند يك گونه ژنومي در E. meliloti باشد. توالي يابي ژن همزيستي

مواد و روش ها: جدايههاي باكتري بر اساس روش تعيين توالي ژن S rRNA16 شناسايي شدند. تجزيه و تحليل مولكولي با استفاده از نرم افزار MEGA 7.0.26 انجام شد. براي انتخاب آنتاگونيستهاي برتر در آزمايشگاه، آزمونهاي كشت متقابل و مكانيسمهاي بيوكنترل انجام شد. آزمونهاي گلخانه در قالب طرح ....... انجام شد با استفاده از نرم افزار SAS 9.1 مورد تجزيه و تحليل قرار گرفت. نتايج: نتايج اين تحقيق نشان داد كه بر اساس تجزيه و تحليل فيلوژنتيك حاصل از تعيين توالي ژن كد كننده S rRNA16، باكتريهاي مطالعهشده متعلق به جنسهاي Pseudomonas، Frigoribacterium، Sphingomonas، Sphingobacterium، Microbacterium، Bacillus و Rhodococcus بودند. جدايه شماره 8312 (Pseudomonas sp.) روي تمام فاكتورهاي رشدي گياه كلزا تأثير معنيدار داشت.(آيا استرين ها تفاوت معني دار داشتند؟ در چه سطحي؟) جدايه شماره 642 (Pseudomonas sp.) به طور قابل توجهي بيماري ساقسياه كلزا را در گلخانه مهار كرد كه نشاندهنده توانايي اين جدايهها براي استفاده به عنوان عوامل كود زيستي و بيوكنترل بيماري ساقسياه به ترتيب ميباشد. نتيجه گيري: نتايج اين تحقيق نشان داد كه باكتريهاي مرتبط با كلزا در مرحله گلدهي متنوع هستند. جدايه 8312 (Pseudomonas sp.) تأثير مهمي روي كليه فاكتورهاي رشد گياه داشت. جدايه 642 (Pseudomonas sp.) به طور قابل توجهي(در مقايسه با شاهد به درصد بنويسيد) بيماري ساقسياه را در گلخانه مهار كرد. از اين رو ، توصيه ميشود اين جدايهها در آزمايش تلقيح مزرعهاي بررسي

شانكر شيرابه اي مايع تيره رنگي است كه از زخم ها و شكاف هاي پوستي بيرون آمده و به پايين تنه درخت مي ريزد،. هدف از انجام پژوهش حاضر، جداسازي و شناسايي باكتري هاي مرتبط با شانكر شيرابه اي درختان بلوط، گردو، توت، نارون، صنوبر، بيد، توسكا و ممرز در برخي از مناطق ايران و بررسي نقش احتمالي اين باكتري ها در ايجاد علائم بود. پس از جداسازي و خالص سازي استرين هاي باكتريايي، بيماري زايي آن ها روي ميزبان هاي هريك آزمايش شد. استرين هاي باكتريايي به دست آمده، با استفاده از شكل و رنگ كلني، الكتروفورز پروتئين هاي محلول سلولي و ويژگي هاي فنوتيپي و ژنوتيپي شناسايي شدند. باكتري هاي گرم منفي جدا شده از شانكر شيرابه اي درختان مورد بررسي به عنوان اعضاي خانواده هاي Pectobacteriaceae، Erwiniaceae، Yersiniacea،Morganellacea ،Enterobacteriaceae، Pseudomonadaceae، Xanthomnadaceae و باكتري هاي گرم مثبت به عنوان اعضاي خانواده هاي Microbacteriaceae و Brevibacteriaceae جدا و شناسايي شدند. ازخانواده Pectobacteriaceae، گونه هاي Brenneria goodwinii از بلوط، گردو و ممرز، Brenneria roseae ssp. roseae از بلوط، گردو و ممرز، Brenneria izadpanahii از بلوط و ممرز، Brenneria nigrifluens و Brenneria rubrifaciens از گردو، Brenneria alni از توسكا، Brenneria salicis از بيد، Brenneria sp. از صنوبر، Lonsdalea quercina از بلوط و Lonsdalea iberica از بلوط و گردو جدا و شناسايي شدند. از خانواده Erwiniaceae گونه هاي Pantoea agglomerans از بلوط، توت، توسكا و ممرز، Pantoea brenneri از توت و نارون، Pantoea vagans از گردو و Erwinia aphidicola از بلوط جدا و شناسايي شدند. از خانواده Yersiniaceae گونه هاي Gibbsiella quercinecans از بلوط، گردو، توت، نارون و ممرز، Gibbsiella greigii از بلوط، Rahnella aquatilis از بلوط، نارون، توسكا و ممرز، Rahnella victoriana از بلوط و Rahnella sp. از صنوبر جدا و شناسايي شدند. از خانواده Enterobacteriaceae گونه هاي Enterobacter ludwigii از بلوط و ممرز، Enterobacter sp. از نارون، Enterobacter cloacae و Enterobacter hormaechei از توسكا، Citrobacter freundii از بلوط و ممرز، Citrobacter farmeri از نارون، Klebsiella grimontii از توت و نارون، Klebsiella aerogenes از توت و Lelliottia amnigena از نارون

لكه زاويه اي باكتريايي برگ پنبه از مهمترين بيماري هاي پنبه مي باشد كه با توجه به ماهيت قرنطينه اي بودن بيماري، در برخي از مناطق كشور هر چند سال مشكل ساز مي شود. بهترين شيوه مبارزه با بيماري استفاده از ارقام مقاوم و استفاده از عوامل كنترل بيولوژيك مي باشد. طي سال هاي 1392 و 1395، به منظور شناسايي و بررسي خصوصيات آنتاگونيستي و كاربرد آنها در القاي مقاومت نسبت به بيماري لكه زاويه اي باكتريايي برگ پنبه، سي صد و پنجاه و نه استرين باكتريايي از ريزوسفر و به صورت اپي فيت و اندوفيت از بوته و بذر گياه پنبه در مناطق مختلف پنبه كاري و مزارع استان گلستان جداسازي شد. براساس آزمون هاي بيوشيميايي و فنوتيپي و ساير آزمون هاي تكميلي، نمايندگان استرين ها در آزمون-هاي مختلف مشخص شدند. ايزوله هاي Bacillus pumilus MR11، B. pumilus MR12، B. pumilus MR13، B. safensis MR21، B. safensis MR22 و Stenotrophomonas pavanii MR31 به عنوان ايزوله هاي برتر به صورت اندوفيت و از ريزوسفر جداسازي و شناسايي شدند. همچنين گونه هاي Pseudomonas fluorescens، P. syringae و Panthoea ananatis نيز به عنوان گونه هاي اپي فيت از گياه و بذر جداسازي و شناسايي شدند. ميزان شباهت ترادف ژن 16rRNA در ايزوله S. pavanii MR31 با ايزوله FJ748683.1، ايزوله هاي B. safensis MR21 و B. safensis MR22 با ايزوله NR113945.1 و B. pumilus MR13 و B. pumilus MR11 با ايزوله AB020208.1 به ميزان 99 درصد و ايزوله B. pumilus MR12 با ايزوله AB020208.1، 98 درصد بود. جمعيت گونه هاي گرم مثبت B. safensis و B. pumilus به عنوان اندوفيت و همچنين در ريزوسفر بيشتر از سايرين بود. بر اساس نتايج هيچ ايزوله اي از باكتري Xanthomonas citri subsp. malvacearum به عنوان عامل بيماري لكه زاويه اي باكتريايي برگ پنبه جداسازي و شناسايي نشد. همچنين باكتري عامل بيماري لكه زاويه اي باكتريايي برگ پنبه از برگ هاي مربوط به آلودگي سال 1384 جداسازي شد. براساس مقايسه ميانگين هاي صفات مورد بررسي گياه چه هاي شش روزه تيمار ناشي از استرين Bacillus pumilus MR 11 و B. pumilus MR12 بالاترين طول ريشه چه و ساقه چه، وزن تر ساقه چه را داشتند و از نظر ساير ويژگي ها نيز برتر از سايرين بودند. تجزيه واريانس شدت بيماري و ميزان مقاومت بوته هاي آلوده ناشي از تيمار بذري استرين ها در سطح يك درصد مع

در طول فصل زراعي سال 1393، از شاليزارهاي مناطق مختلف استان گيلان بازديد به عمل آمد و از گياهان برنج فاقد علائم آلودگي به همراه خاك ريزوسفر و همچنين بذور برنج عاري از علائم آلودگي نمونه برداري صورت گرفت. به چه صورتي نمونه گرفتيد؟ زيگزاگي؟ قطري؟ از كدام گياهان؟ قوي ؟ ضعيف؟ چند نمونه؟ پس از مطالعات اوليه، جهت تفكيك جدايه ها از الكتروفورز پروتئين كل سلول هاي باكتريايي استفاده گرديد و با مقايسه ي نقوش به دست آمده از تعداد 205 جدايه ي اندوفيت، اپي فيت و ريزوسفر خالص سازي شده، تعداد 154 جدايه در 7 گروه الكتروتايپي قرار گرفت. جهت انجام مطالعات بيوشيميايي و مولكولي آتي، تعداد 79 جدايه ي منتخب از مجموع گروه هاي به دست آمده انتخاب گرديدند. با بررسي خصوصيات فنوتيپي جدايه ها، جنس هاي شناسايي شده شامل Pantoea spp.، Alcaligenes sp.، Stenotrophomonas sp. ، spp. Bacillus، و سودوموناس هاي غير فلورسنت بود. فراواني كدام باكتري مثلا در بذر زياد بود و كدام كم بود. فراواني كدام باكتري مثلا در ريزوسفر يا اندوفيت زياد بود و كدام كمتر بود . جهت تأييد گروه بندي جدايه ها بر اساس پروتئين كل و ميزان همبستگي اين روش با روش هاي مبتني بر DNA، از آزمون هضم آنزيمي محصول تكثير شده ي ناحيه ي 16S r-DNA نيز استفاده گرديد كه بر اساس اين روش جدايه هاي منتخب در 7 گروه تاكسونومي قرار گرفتند. از مجموع جدايه هاي مورد بررسي، %2/29 گرم مثبت و %7/70 گرم منفي بودند. در بين جدايه هاي گرم مثبت، %65 از جدايه ها به جنس Bacillus spp. تعلق داشت. در بين جدايه هاي گرم منفي نيز %3/39 از جدايه ها به جنس Pantoea spp.، %20 از جدايه ها به جنس Pseudomonas sp.، %3/10 از جدايه ها به جنس Alcaligenes sp. و %6/9 نيز به جنس Stenotrophomonas sp. تعلق داشتند و ساير جدايه ها نيز كه فراواني كمتري داشتند شناسايي نگرديدند. جدايه هاي جنس Bacillus spp. فقط در محيط ريزوسفر جداسازي شدند. جدايه هاي جنس Alcaligenes sp. از محيط ريزوسفر و اپي فيت، جدايه هاي Stenotrophomonas sp. و Pantoea spp. از محيط هاي اپي فيت و اندوفيت و جدايه هاي Pseudomonas sp. از هر سه محيط اپي فيت، اندوفيت و ريزوسفر برنج جداسازي گرديدند. در ادامه و پس از شناسايي گروه هاي باكتريايي به دست آمده، جهت مطالعه ي توانايي القاء رشد و جوانه زني باكتري هاي مورد بررسي در ميزبان برنج،

ميكروارگانيسم هاي بيمارگر بر سلامت گياه اثر گذاشته و از تهديدات اصلي توليد غذا و پايداري اكوسيستم هستند. استفاده از مواد شيميايي براي كنترل بيماري هاي گياهي سبب اثرات مضر بر سلامتي انسان و محيط زيست مي شود و افزايش نگراني ها درباره اثرات جانبي آن ها منجر به تحقيقات براي يافتن روش هاي جايگزين اين مواد شده است. يكي از روش هاي جايگزين، بيوكنترل با استفاده از ميكروارگانيسم هاي مرتبط با گياهان هستند. هدف از اين پژوهش بررسي اثر آنتاگونيستي باكتري هاي غير بيماري زاي گوجه فرنگي عليه Ralstonia solanacearum و Verticillium dahliae تحت شرايط آزمايشگاه و گلخانه بود. در سال-هاي 1393-1392 نمونه برداري از بوته هاي سالم گوجه فرنگي و ريزوسفر از مناطق مختلف استان همدان انجام گرفت و 330 استرين باكتري جدا شد. سپس با استفاده از الكتروفورز پروتئين هاي محلول سلولي در ژل پلي آكريل آميد 19 گروه الكتروتيپ به دست آمد و در نهايت تعداد 150 نماينده براي مطالعات بعدي انتخاب شدند. براساس ويژگي هاي فنوتيپي ، بيوشيميايي و توالي يابي بخشي از ژن 16srDNA اين باكتري ها به عنوان Bacillus thuringiensis (FS234)، B. atrophaeus (FS288، B. pumilus (FS91،( B. subtilis (FS299، Acinetobacter calcoaceticus (FS339)، Cronobacter dublinensis (FS244) ، Enterobacter ludwigii (FS274)، Stenotrophomonas maltophilia (FS300)، Pseudomonas brassicacearum (FS184)، P. fluorescens(FS167)، P. mosselii (FS67)، pantoea agglomerans (FS139)، Serratia marcescens (FS196)، Xanthomonas spp. و streptomyces spp. شناسايي شدند. باكتري هاي. Pseudomonas، Acinetobacter و Bacillus به ترتيب با فراواني 22، 18 و 17 درصد و streptomyceبا سه درصد فراواني بيشترين و كمترين فراواني را داشتند. استرين هاي P. brassicacearum، B. atrophaeus (FS288، A. calcoaceticus (FS339)، P.mosselii FS67 Cronobacter dublinensis (FS244) و Enterobacter ludwigii (FS274) براي اولين بار است كه از ايران از گوجه فرنگي گزارش شده اند. .كاربرد نشانگر rep-PCR با استفاده از آغازگرهايERIC و BOX در مورد سه استرين غالب حاكي ازتنوع ژنتيكي اين استرين ها بود كه بيشترين تنوع مربوط به استرين هاي P. fluorescensFS167 و كمترين تنوع در استرين هاي B. subtilis FS299 بود. اثر آنتاگونيستي باكتري هاي ج

پايداري به پادزيست ها از بزرگترين چالش هاي قرن 21 هستند. در دهه هاي گذشته پيدايش ريزجانداران پايدار به پادزيست شتاب گرفته است. گذشته از پادزيست ها فلزهاي سنگين نيز از راه فرايندهايي مانند همگزيني و پايداري همزمان سبب برانگيختگي ژن هاي پايداري پادزيستي مي گردند. كارهاي مردمي به سبب اينكه مايه انباشت فلزهاي سنگين در خاك مي شوند، خطر افزايش باكتري هاي پايداري به پادزيست و نيز ژنهاي پايداري پادزيستي و رسيدن اين آلاينده ها از راه هايي مانند آب هاي سطحي و زيرزميني، كودهاي دامي و فراورده هاي كشاورزي به چرخه غذايي و باكتري هاي بيماريزا را نيز افزايش مي دهند. پژوهش كنوني با هدف بررسي پيامد فلزهاي سنگين بر فراواني باكتري هاي پايدار به پادزيست و فلز در آبها و خاك هاي آلوده داراي فلز سنگين با كاربري گوناگون و نيز بودن ژن هاي پايدار به پادزيست ها در اين خاك ها و آب ها و از سوي ديگر بررسي پيامد كاربرد پادزيست در مرغداري ها بر فراواني باكتري هاي پايدار به پادزيست ها در كودها انجام شد. در گام نخست پژوهش از خاك هاي كشاورزي، چراگاه پيرامون سه معدن سرب و روي آهنگران، آهن باباعلي و آهن گلالي و نيز زباله هاي اين سه معدن نمونه خاك برداشته شد. از آب هاي روزميني و چشمه هاي پيرامون اين معادن نيز نمونه برداري انجام شد. غلظت فلزهاي سنگين در نمونه هاي آب برداشته شده كمتر از مرز استاندارد پيشنهاد شده بوسيله سازمان WHO و FAO بود بنابراين از ادامه پژوهش روي اين نمونه ها چشم پوشي شد. براي بررسي فراواني باكتري هاي پايدار به پادزيست و فلز خاك ها كشت نمونه هاي خاك به روش پخش در پليت به ترتيب روي كشتگاه مولر هينتون آگار داراي µg/ml 8 آموكسي سيلين، آمپي سيلين و تتراسايكلين؛ µg/ml 4 ونكومايسين، جنتامايسين و داكسي سايكلين و µg/ml 16 استرپتومايسين و نوترينت آگار داراي µg/ml 100 سرب، كادميم، كبالت، نيكل و روي؛ µg/ml 5/12 جيوه و µg/ml 200 مس كشت داده شدند. نتايج شمارش باكتري هاي پايدار نشان داد كه بيشترين پايداري باكتريها در كاربري كشاورزي و چراگاه به پادزيست ونكومايسين و در كاربري معدن به آموكسي سيلين بود و كمترين پايداري در هر سه كاربري به جنتامايسين بود. فراواني نسبي باكتري هاي پايدار به همه پادزيست ها گذشته از ونكومايسين و استرپتومايسين در كاربري معدن بيشترين و در كاربري كشاورزي كمترين بود. پايداري نسبي

چغندرقند مانند ساير گياهان داراي طيف وسيعي از باكتري هايي است كه روي قسمت هاي مختلف آن مستقر هستند. باكتري هايي كه مرتبط با گياهان هستند عبارت اند از ريزوباكترها، باكتري هاي اندوفيت و اپي فيت. جهت تعيين الگوي باكتريايي چغندرقند، در طول فصل زراعي سال 1393 از 12 منطقه مهم چغندركاري غرب كشور بازديد به عمل آمده و نمونه هاي اندام هاي هوايي گياهان شاداب و قوي به طور تصادفي با حركت در قطرهاي مزرعه گردآوري شد. درمجموع تعداد 452 جدايه باكتريايي جداسازي شد كه از اين تعداد 217 استرين متعلق به ناحيه ريزوسفر 70 استرين اپي فيت برگ و 85 استرين از اندوفيت برگ و تعداد 80 استرين نيز از بذر چغندرقند جداسازي گرديد. براي انتخاب نماينده استرين هاي باكتريايي ابتدا پروتئين هاي محلول سلولي استخراج و به روش ناپيوسته لاملي الكتروفورز شدند. به طوركلي اين استرين ها 54 الگوي پروتئيني مختلفي را از خود نشان دادند كه در اين ميان هشت گروه الكتروتيپي كه فراواني بيشتري داشته و براي بررسي هاي بيشتر انتخاب شدند. ويژگي هاي فنوتيپي الكتروتيپ هاي برگزيده با روش هاي استاندارد باكتري شناسي تا حد شناسايي گونه بررسي شد. همچنين ژن هاي كد كننده 16S rRNA نماينده هاي هر يك از اين الكتروتيپ ها با استفاده از آغازگرهاي fD1 و rD1 به روش PCR فراوان سازي شد و پس از توالي يابي، با بانك داده هاي موجود در سايت NCBI با نرم افزار بلاست آناليز و مقايسه شدند. نتايج نشان داد كه الكتروتيپ هاي متعلق به گونه هاي Stenotrophomonas maltophilia، Pseudomonas fluorescens، Stenotrophomonas rhizophila، Pseudomonas aeruginosa و Serratia marscecens به ترتيب با فراواني 14، 12، 12، 11 و 10 درصد بيشترين فراواني در رايزوسفر چغندرقند را به خود اختصاص دادند. در بذر چغندرقند نيز گونه هاي S. rhizophila و Pseudomonas geniculata از گونه هاي رايج اپي فيت و گونه S. maltophilia به عنوان تنها گونه اندوفيت بذر چغندرقند بذر شناسايي شدند. همچنين در اندوفيت برگ چغندرقند مشخص شد كه الكتروتيپ هاي متعلق به گونه هاي Acinetobacter calcoaceticus، S. maltophilia و P. aeruginosa به ترتيب با فراواني 42، 20 و 15 درصد بيشترين فراواني را به خود اختصاص دادند. در اپي فيت برگ، الكتروتيپ گونه هاي Bacillus simplex و S. maltophilia به ترتيب با فراواني 48 و 25 درصد بالاترين فر

جاروك يونجه يكي از مهمترين بيماري هاي يونجه در ايران است. مناطق گسترش بيماري در ايران طي سال هاي 1392 تا 1394 براساس علايم مشخص بيماري، آزمايش الايزا با آنتي بادي چند همسانه اي و واكنش هاي زنجيره اي پليمراز تعيين شد. پس از تعيين مزارع آلوده و نمونه گيري از آن ها براساس خصوصيات بيولوژيكي و مولكولي، فيتوپلاسما هاي همراه با بيماري جاروك يونجه در مناطق مختلف ايران تشخيص داده شد. عامل بيماري جاروك يونجه با استفاده از سس (Cuscuta campestris Yunk) از يونجه به پروانش انتقال يافت و علايم مرتبط با فيتوپلاسما ديده شد. فيتوپلاسماي عامل بيماري با استفاده از پيوند به گياه پروانش منتقل و در اين گياه تكثير و نگهداري شد. نمونه هاي يونجه داراي علايم جاروك و پروانش هاي مايه زني شده در گلخانه در آزمون واكنش زنجيره اي پليمراز (PCR) با استفاده از جفت آغازگر P1/P7 و واكنش زنجيرهاي پليمراز دومرحله اي با استفاده از جفت آغازگرهاي P1/P7 در مرحله ي اول و R16mF2/R16mR2 و R16F2n/R16R2 واكنش مثبت نشان دادند. با استفاده از آغازگرهاي بالا به ترتيب قطعات با اندازه هاي تقريبي 1800، 1400 و 1200 جفت باز تكثير شد. نمونه هاي فيتوپلاسما با آزمون هاي چند شكلي طولي قطعات برشي(RFLP) حقيقي و مجازي با استفاده از ترادف محصول PCR دو مرحله اي با جفت آغازگر R16F2n/R16R2 براي تكثير 1250 جفت باز از ژن كد كننده RNA ريبوزومي 16S مورد بررسي قرار گرفتند. نتايج نشان داد كه فيتوپلاسماي همراه با جاروك يونجه در ايران به چهار گروه RNA ريبوزومي شامل 16SrI، 16SrII، 16SrVI و 16SrXII تعلق دارند. استرين هاي وابسته به گروه 16SrI فقط در استان آذربايجان غربي ديده شدند و زير گروه هاي C و D از گروه 16SrII از استان هاي يزد، سيستان و بلوچستان، كرمان، اصفهان، همدان، خوزستان، خراسان رضوي و جنوبي، فارس و بوشهر جدا شدند. در بعضي از مناطق استان هاي يزد، خراسان رضوي، خوزستان و بوشهر استرين-هايي از گروه 16SrII مشاهده گرديد كه به هيچ يك از زير گروه هاي اين گروه شباهت نداشتند. در تمام مناطق مورد مطالعه زيرگروه D غالب بود. دو استرين فيتوپلاسماي همراه با جاروك يونجه از مناطق جويم فارس و چاهگير يزد بر اساس توالي 1200 جفت باز از نواحي ژن 16S و ناحيه ي بين ژني 16S و 23S در زير گروه C از گروه 16SrII قرار گرفتند. اين دو استرين براساس علايم انتقال در گي

باكتري هاي همراه گياهان از نظر ويژگي هاي فنوتيپي، ژنوتيپي، فيلوژني، محل استقرار و اثراتي كه بر محيط زيست و سلامتي گياهان دارند، متنوع هستند. اين باكتري ها بسيار مهم بوده و مي توانند به صورت مستقيم و غيرمستقيم رشد گياهان را تحت تأثير خود قرار دهند. هدف از اين پژوهش، بررسي ويژگي هاي فنوتيپي، برخي ويژگـي هاي مهم بيولوژيكي و تنوع ژنتيكي باكتري هاي همراه بذر، اندوفيت، اپي فيت و فراريشه خيار بود. براي انجام اين پژوهش، طي سال هاي 92-1391 تعداد 650 جدايه باكتري فراريشه، اپي فيت و اندوفيت بوته هاي سالم و شاداب خيار در مناطق مختلف استان همدان جداسازي شد. سپس با الكتروفورز پروتئين هاي محلول سلولي استرين هاي استخراج شده، 120 استرين به عنوان نماينده براي بررسي هاي بعدي انتخاب شدند. بر پايه بررسي ويژگي هاي فنوتيپي، استرين هاي آزمون شده شامل 25 درصد گرم مثبت و 75 درصد گرم منفي بودند. اين استرين ها به ترتيب فراواني متعلق به جنس هاي Pseudomonas، Xanthomonas، Erwinia، Bacillus، Brevibacilulus، Flavobacterium، Arthrobacter، Sphingomonas، Stenotrophomonas و Acinetobacter بودند. انگشت نگاري ژنتيكي استرين هاي به دست آمده با آغازگرهاي BOX و ERIC مشخص كرد كه هريك از گونه هاي مورد بررسي از تنوع ژنتيكي قابل توجهي برخوردار بودند. بيشترين تنوع ژنتيكي در گروه مربوط به باكتري هاي سودوموناس و كمترين تنوع ژنتيكي نيز در باكتري هاي گروه باسيلوس مشاهده شد. بررسي الگوي ژن هاي hrp نشان داد كه بيشتر استرين هاي سودوموناس فلورسنت مورد بررسي داراي توالي هاي مرتبط با اين گروه ژني بودند. براي بررسي ويژگي هاي مهم بيولوژيكي باكتري هاي به دست آمده، فعاليت هاي آنزيمي و ويژگي هاي آنتاگونيستي مؤثر استرين هاي نماينده عليه باكتري Pseudomonas syringae pv. lachrymans عامل بيماري لكه زاويه اي خيار مورد ارزيابي قرار گرفت. نتايج نشان داد كه استرين هاي SR390، SR205، SR630 و SR352 بيشترين فعاليت آنزيمي را داشتند. استرين هاي SR625، SR390، SR205، SR624، SR589، SR630، SR352 و SR645 به ترتيب با داشتن بيشترين هاله بازدارندگي در مقابل باكتري بيمارگر بالاترين فعاليت آنتـاگونيستي را از خـود نشان دادند كه استرين هاي SR625 و SR645 با داشتن 33/34 و 68/18 ميلي متر به ترتيب بيشترين و كمترين هاله بازدارندگـي را داشتند. بررسي هاي گلخانه

طي سال هاي 1392 و 1393، صدو پنجاه استرين باكتريايي از خاك و گره ريشه گياهان نخود، لوبيا، يونجه، شبدر و خلر از استان هاي آذربايجان شرقي و همدان جداسازي شد. در آزمون گره زايي، از بين اين استرين ها، 11 استرين نتوانستند روي گياه ميزبان خود گره ايجاد كنند در حاليكه بيشتر استرين ها، پس از 5 هفته گره هايي، روي گياه ميزيان خود ايجاد كردند. شناسايي گونه و تنوع استرين ها با مقايسه ويژگي هاي فنوتيپي، انگشت ژنتيكي حاصل از rep-PCR، 16S rRNA-RFLP و توالي يابي ژن هاي nodC، nifH، recA و atpD با يكديگر و با استرين هاي مرجع ارزيابي گرديد. براساس انگشت نگاري ژنتيكي حاصل از روش هاي Box و ERIC-PCR استرين هاي نخود، يونجه، لوبيا، شبدر و خلر به ترتيب به شش، چهار، هفت، پنج و چهار گروه تقسيم شدند. اين نتايج نشان دهنده تنوع ژنتيكي بالا بين استرين ها است. در روش16S rRNA-RFLP ، استرين هاي نخود، لوبيا، يونجه، شبدر و خلر به ترتيب تشكيل هفت، نه، دوازده، شش و سه ژنوتيپ را دادند آتاليز فيلوژني، براساس توالي يابي ژن هاي nodC، nifH، atpD و recA نشان داد كه نماينده ي استرين هاي نخود به Mesorhizobium mediterraneum، M. ciceri و Agrobacterium tumefaciens، نماينده ي استرين هاي لوبيا به گونه هاي Rhizobium leguminosarum، R. giaridinii، R. etli و R. tropici، استرين هاي يونجه به Sinorhizobium meliloti، S. medicae و A. tumefaciens، استرين هاي شبدر به R. leguminosarum bv. triflolli ، S. melilot و A. tumefaciens و استرين هاي خلر به R. leguminosarum و گونه ي جديد R. iranicum sp. nov. تعلق دارند. در تحقيق حاضر براساس ويژگي هاي فنوتيپي و ژنوتيپي دو گونه ي R. tropici و R. giardinii به عنوان همزيست لوبيا براي اولين بار از ايران و R. iranicum به عنوان همزيست با خلر براي اولين بار در دنيا گزارش مي گردد.

Spreading of manure and sewage sludge on agricultural lands has been gaining attention in past decade as it improves soil nutrient status and enhances microbial activity. On the other hand, pathogens including bacteria, viruses, and protozoa have been found in these organic fertilizers. In many arid regions in developing countries the main source of drinking water is groundwater abstracted from drilled wells. Moreover, wastewater collection and treatment systems are uncommon in these countries and therefore there is a real risk for the abstracted water being contaminated with pathogens and pose a health risk through the food chain. Percolation through the vadose zone has been found to be a significant mechanism for removing microbial contaminants. Bacteria retention occurred mostly in the top layer of a soil (a few 10 cm). The main retention mechanisms are physical straining or filtration within the pores of the solid matrix. Depending on its physiological state a bacterial cell may attach to surfaces where it may grow or can be dislodged into the aqueous solution and transported to new regions. Soils as filtration media for percolating wastes carrying bacterial contaminants may allow their survival and 641 growth and thus serve as a temporary sink and a source for delayed leaching of bacteria into the subsurface. Several factors have been reported to affect the survival of fecal coliforms (FC) in soils. The two most significant abiotic parameters influencing the survival of bacteria in soil are temperature and water availability. Survival of bacteria decreases with increasing temperature. Survival of E. coli and P. fluorescens CHA0 under non-optimal temperature and nutrient deprivation has been studied. Survival of E. coli had an inverse relationship with temperature, whereas for P. fluorescens a direct relationship between temperature and T90 values was established in the range 5–15ºC, with an inverse relationship at higher temperatures. Animal and human waste-bor