menu
Farhad Ghafouri-Kesbi

Associate Professor

Update: 2024-07-04

Farhad Ghafouri-Kesbi

Faculty of Agriculture / Department of Animal Sciences

Master Theses

  1. برآورد پارامترهاي ژنتيكي اتوزومي و وابسته به جنس صفات پيله در كرم ابريشم (Bombyx mori)
    2023
    خيراً ارتباط ژن هاي وابسته به جنس (قرارگرفته روي كروموزوم هاي جنسي) با تنوع صفات اقتصادي دام هاي اهلي مانند گوسفند، بز و پرندگان مورد بررسي قرار گرفته است. با اين حال، هيچ اطلاعاتي در رابطه با تنوع ژنتيكي وابسته به جنس صفات مهم اقتصادي در كرم ابريشم در دسترس نيست. هدف از پژوهش حاضر برآورد اجزاي واريانس ناشي از اثرات ژنتيكي اتوزومي و وابسته به جنس بر صفات مهم اقتصادي در كرم ابريشم Bombyx mori بود. داده هاي مورد استفاده شامل ركوردهاي وزن پيله، وزن قشر پيله و نسبت قشر پيله مربوط به 21480 كرم ابريشم از دو سويه 107 (ژاپني) و 110 (چيني) در سه نسل پي در پي بودند كه در مركز تحقيقات كرم ابريشم ايران جمع آوري شده بودند. شجره شامل تعداد 21768 فرد، 432 پدر و 431 مادر بود. اجزاي واريانس و پارامترهاي ژنتيكي صفات مورد بررسي با 16 مدل مختلط دامي داراي تركيبات مختلفي از آثار ژنتيكي مستقيم اتوزومي و وابسته به جنس، ژنتيكي و محيطي مادري و گروه همدوره بودند، با استفاده از الگوريتم ميانگين اطلاعات بيشترين درست نمايي محدود شده (AI-REML) برآورد شدند. مدل هاي برازش شده براساس معيار اطلاعات آكائيكه (AIC) مقايسه شدند. انواع همبستگي بين صفات مورد بررسي نيز با استفاده از يك مدل سه متغيره برآورد شدند. وارد كردن اثر ژنتيكي وابسته به جنس در مدل ها منجر به بهبود خصوصيات كلي مدل ها و كاهش مقادير برآورد شده واريانس ژنتيكي و وراثت پذيري اتوزومي شد. براساس بهترين مدل هاي برازش شده، براي وزن پيله، وزن قشر پيله و نسبت قشر پيله، وراثت پذيري هاي اتوزومي (h_a^2)، به ترتيب 03/0، 02/0 و 03/0 و وراثت پذيري هاي وابسته جنس (h_z^2) به ترتيب 10/0، 05/0 و 18/0 برآورد شدند. به عبارت ديگر به ترتيب 10%، 5% و 18% از تنوع فنوتيپي مشاهده شده در صفات وزن پيله، وزن قشر پيله و نسبت قشر پيله ناشي از ژن هاي قرار گرفته روي كروموزوم Z بود. صفات مورد مطالعه تحت تاثير اثر محيطي مادري قرار داشتند، به گونه اي كه ضرايب محيطي مادري (C2) براي صفات وزن پيله، وزن قشر پيله و نسبت قشر پيله، به ترتيب 03/0، 05/0 و 17/0 برآورد شدند. همبستگي ژنتيكي اتوزومي بين صفات مورد بررسي در دامنه 58/0- (وزن پيله و نسبت قشر پيله) تا 44/0 (وزن پيله و وزن قشر پيله) قرار داشت. همبستگي ژنتيكي وابسته به جنس بين صفات مورد بررسي در دامنه 00/0 (وزن پيله و وزن قشر
    Thesis summary

  2. مقايسه روش هاي مختلف آماري در ارزيابي ژنومي صفات داراي معماري ژنتيك افزايشي و غالبيت
    جواد خرمي 2022
    چكيده هدف از انجام اين تحقيق مقايسه روش هاي مختلف آماري ازجمله GBLUP ،BaeseA ، BayeseB ،BayeseC ،BayesLasso ،Ridge Regression، Boosting وSVM در ارزيابي ژنومي صفات با معماري ژنتيكي افزايشي و غالبيت بود. ژنومي متشكل از 5 كروموزوم و هر يك به طول يك مورگان شبيه سازي شد و روي هر كروموزوم 1000 نشانگر تك نكلئوتيدي (SNP) به طور يكنواخت پخش شد. در دو سناريو مختلف 500 و 50 QTL در نظر گرفته شد و توزيع اثرات آنها با توزيع نرمال، گاما و يكنواخت مدل سازي شد. به ترتيب به 10، 20، 50 و 100% از QTLها اثر غالبيت داده شد. جمعيت پايه به تعداد 100 فرد (50 نر و 50 ماده) شبيه سازي شده و براي ايجاد LD اجازه داده شد تا براي 50 نسل به طور تصافي در آن آميزش صورت بگيرد. در نسل 51، اندازه جمعيت به 1000 فرد افزايش داده شد كه اين افراد داراي اطلاعات ژنوتيپي و فنوتيپي بوده و جمعيت مرجع را تشكيل مي دهند. افراد نسل 52 از آميزش افراد نسل 51 ايجاد شدند كه با افراد جمعيت مرجع داراي رابطه خويشاوندي بودند. افراد نسل 52، جمعيت تأييد (حيوانات كانديد انتخاب) را تشكيل مي دادند و تفاوت آنها با حيوانات جمعيت مرجع اين بود كه فاقد اطلاعات فنوتيپي بودند. از دو شاخص صحت ارزيابي پيش بيني ژنومي و اريبي براي تجزيه و تحليل نتايج و مقايسه روش ها استفاده شد. نتايج نشان داد كه عدم تفكيك اثرات غالبيت از اثرات افزايشي منجر به كاهش صحت ارزيابي ژنومي و افزايش اريبي ارزش هاي اصلاحي ژنومي خواهد شد. در تمامي سناريوهاي بررسي شده از توزيع اثرات QTL، تعداد QTL و درصدهاي مختلف از QTLهاي داراي اثر غالبيت، روش هاي بيزي استفاده شده از صحت پيش بيني بالاتري برخوردار بودند و برآوردهاي آنها حداقل اريبي را داشت. روش Boosting به طور معني داري از كمترين صحت پيش بيني برخوردار بود و اريبي برآوردهاي آن نيز از بقيه روش هاي مطالعه شده بيشتر بود. عملكرد روش SVM و رگرسيون ريج نيز از Boosting بهتر بود اما از روشهاي بيزي و GBLUP در برخي سناريوها كمتر بود. از نظر سرعت انجام محاسبات نيز GBLUP سريعترين و Boosting كندترين روش بودند.
    Thesis summary

  3. مطالعه ميزان تاثير اثرات ژنتيكي غالبيت بر صحت انتخاب ژنومي دام ها
    مسلم كريمي 2022
    هدف از اين تحقيق بررسي تاثير اثرات ژنتيكي غالبيت بر صحت ارزيابي ژنومي بود. بدين منظور ژنومي حاوي 5000 نشانگر تك نوكلئوتيدي دو آللي (SNP) روي 5 كروموزوم هر كدام به طول 1 مورگان در سطح وراثت پذيري 5/0 شبيه سازي شد. همه QTLها داراي اثرات افزايشي بودند. توزيع هاي متفاوت اثرات QTL (يكنواخت، نرمال و گاما) و نيز سه سناريو از تعدادQTL به صورت 5، 10 و 20% از تعداد كل SNPها (250، 500 و 1000 QTL) به صورت فرضيه هاي شبيه سازي در نظر گرفته شد. در سناريوهاي مختلف به 00/0، 10، 25، 50 و 100% از QTLها اثرات غالبيت داده شد. ارزش هاي اصلاحي ژنومي با استفاده از روش بهترين پيش بيني نااريب خطي ژنومي (GBLUP) برارود شده و شاخص هاي صحت پيش بيني (r)، ميانگين مربعات خطاي پيش بيني (MSEp)، اريبي (Bias) و قابليت اعتماد ارزش هاي اصلاحي (Reliability) براي تجزيه و تحليل ارزش هاي اصلاحي حاصل از GBLUP مورد استفاده قرار گرفتند. نتايج نشان داد در صورتيكه اثرات غالبيت در تنوع فنوتيپي صفت مشاركت داشته باشند اما در مدل ارزيابي ژنومي لحاظ نشده و به صورت تفكيك نشده از اثرات ژنتيكي افزايشي باقي بماند، منجر به كاهش صحت ارزش هاي اصلاحي ژنومي تا حدود 25% خواهد شد. همچنين ميزان MSEp ارزش هاي اصلاحي نيز با افزايش درصد QTLهاي داراي اثر غالبيت از 00/0 به 100%، تا 60% افزايش يافت. ميزان اريبي ارزش هاي اصلاحي ژنومي نيز تحت تاثير اثرات غالبيت قرار گرفت و با افزايش درصد QTLهاي داراي اثر غالبيت از 00/0 به 100%، تا 36% افزايش يافت. قابليت اعتماد ارزش هاي اصلاحي ژنومي نيز به طور چشمگيري با افزايش درصد QTLهاي داراي اثر غالبيت از 00/0 به 100%، تا حدود 40% كاهش يافت. به طوركلي نتايج اين تحقيق نشان داد كه عدم تفكيك اثرات ژنتيكي غالبيت از اثرات ژنتيكي افزايشي منجر به برآوردهاي با صحت پايين، اريب، و غير قابل اعتماد از ارزش هاي اصلاحي ژنومي مي شود كه در نهايت بازدهي انتخاب ژنومي را كاهش خواهد داد. بنابراين پيشنهاد داده شد كه به منظور افزايش كارايي طرح هاي انتخاب ژنومي، اثرات غالبيت در مدل ارزيابي ژنومي منظور شود.
    Thesis summary

  4. بررسي اثرات مادري بر برآورد پارامترهاي ژنتيكي صفات وزن بدن و بازدهي رشد در گوسفند بلوچي
    بهنام معصومخاني 2021
    اين مطالعه به منظور برآورد مولفه هاي واريانس ناشي از اثرات مستقيم و مادري براي صفات وزن تولد(BW)، وزن شيرگيري(WW)، وزن شش ماهگي(W6)، متوسط افزايش وزن روزانه قبل و بعد از شيرگيري(ADGa وADGb) و ضريب كليبر براي دو دوره قبل و بعد از شيرگيري (KRa وKRb) در گوسفند بلوچي انجام شد. براي برآورد اجزاي واريانس و پارامترهاي ژنتيكي، هر صفت به وسيله 12 مدل دام كه تركيبات مختلفي از اثرات مستقيم و مادري را در بر داشتند با استفاده از روش REML تجزيه و تحليل شدند. انواع همبستگي بين صفات نيز بوسيله مدل هاي دو متغيره برآورد گرديد. وراثت پذيري مستقيم (h_a^2) صفات BW، WW، W6، ADGa، ADGb، KRaو KRb به ترتيب به مقادير 03/0، 05/0، 02/0، 06/0، 02/0، 06/0 و 03/0 برآورد شد. براي تمامي صفات مطالعه شده، وارد كردن اثرات مادري منجر به بهبود معني دار در خصوصات كلي مدل شد. وراثت پذيري مادري (h_m^2) براي صفات BW، WW، W6، ADGa و KRa به ترتيب 08/0، 01/0، 01/0، 00/0 و 00/0 برآورد شد. برآوردهاي نسبت واريانس محيطي دائمي مادري به واريانس فنوتيپي (h_c^2) براي صفات BW، WW، W6، ADGa و KRa به ترتيب 09/0، 06/0، 07/0، 06/0 و 06/0 بود. نسبت واريانس محيطي مشترك مادري به واريانس فنوتيپي (h_l^2) براي صفات BW، WW، W6، ADGa، ADGb، KRaو KRb به ترتيب 37/0، 25/0، 16/0، 21/0، 08/0، 11/0 و 13/0 برآورد شد كه تقريباً براي تمامي صفات از مجموع سه پارامتر ديگر (h_a^2، h_m^2 و h_c^2) بيشتر بود و از اين نظر مهمترين عامل در پراكنش فنوتيپي صفات مطالعه شده بود. همبستگي ژنتيكي افزايشي مستقيم بين صفات در دامنه 61/0- (BW-ADGb) تا 99/0 (ADGb-KRb) برآورد شد و همبستگي هاي فنوتيپي نيز در دامنه 45/0- (ADGa-ADGb) تا 99/0 (W6-ADGb) قرار داشتند. همبستگي ژنتيكي افزايشي مادري در دامنه 07/0 (W6-KRa) تا 00/1 (BW-WW) برآورد گرديد. همبستگي محيطي دائمي مادري نيز در دامنه 53/0- (BW-W6) تا 67/0 (WW-W6) برآورد شد. براي همبستگي محيط مشترك مادري نيز برآوردها در دامنه 85/0- (BW-WW) تا 00/1 (WW-W6) قرار داشتند. با توجه به معني-دار بودن اثرات مادري خصوصاً اثر محيط مشترك مادري، پيشنهاد شد كه به منظور افزايش صحت ارزيابي ژنتيكي، اثرات مادري در مدل آماري منظور شوند.
    Thesis summary

  5. مقايسه اثر سطوح مختلف فلفل قرمز با رنگدانه سنتتيك بر عملكرد، صفات كيفي تخم مرغ و ايمني در مرغ هاي تخم گذار
    زهرا جهان بخش راد 2020
    اين آزمايش جهت مقايسه اثر سطوح مختلف فلفل قرمز با رنگدانه سنتتيك بر عملكرد، صفات كيفي تخم مرغ و ايمني در مرغ هاي تخم گذار از سن 38 تا 50 هفتگي انجام شد. در اين آزمايش از 125 قطعه مرغ تخم گذار سويه نيك چيك شامل 5 تيمار با 5 تكرار و 5 قطعه مرغ در هر تكرار استفاده شد. تيمار1: تيمار شاهد (جيره پايه بر اساس ذرت، گندم، كنجاله سويا) بدون افزودن رنگدانه طبيعي يا مصنوعي، تيمار2: جيره شاهد به علاوه 1 درصد پودر فلفل قرمز تند، تيمار3: جيره شاهد به علاوه 2 درصد پودر فلفل قرمز تند، تيمار4:جيره شاهد به علاوه 3 درصد پودر فلفل قرمز تند و تيمار 5: جيره شاهد به علاوه رنگدانه سنتتيك (لوهمن) 25 گرم در تن بر اساس توصيه شركت سازنده مورد تغذيه قرار گرفتند و آزمايش به مدت 8 هفته انجام شد. براي محاسبه درصد توليد و وزن تخم مرغ هر تكرار، هر روز در ساعت 5 بعد از ظهر تعداد و وزن تخم مرغ ها ركوردگيري و درصد توليد و نيز وزن تخم مرغ بر حسب روز مرغ محاسبه شد. صفات عملكردي مورد بررسي شامل ميزان تخم گذاري، ميانگين وزن تخم مرغ، ميانگين روزانه توليد توده تخم مرغ، ميانگين خوراك مصرفي روزانه و ضريب تبديل بود. هر دوهفته يكبار، دو عدد تخم مرغ به صورت تصادفي از هر تكرار جمع آوري و صفات كيفي تخم مرغ شامل وزن تخم مرغ، شاخص شكل تخم مرغ، شاخص زرده، رنگ زرده، واحد هاو، درصد پوسته و ضخامت پوسته تخم مرغ مورد بررسي قرار گرفت. براي بررسي عملكرد سيستم ايمني مرغ هاي تخم گذار و مشخص كردن اثر فلفل و رنگدانه سنتتيك، از هر تكرار دو قطعه مرغ انتخاب و براي اندازه گيري ميزان پاسخ سيستم ايمني سلولي از روش حساسيت پوستي فيتوهماگلوتنين و ايمني هومورال از تيتر آنتي بادي عليه گلبول قرمز گوسفند استفاده شد. در انتهاي دوره آزمايش از هر تكرار دو قطعه مرغ به صورت تصادفي انتخاب و از رگ زير بال آنها براي اندازه گيري پارامترهاي خوني شامل گلوكز، كلسترول، تري گليسريد، پروتئين كل، آلبومين و برخي آنزيم هاي شاخص آسيب بافتي مانند آلكالين فسفاتاز، آلانين آمينو ترانسفراز و آسپارتات آمينوترنسفراز، خون گيري به عمل آمد.
    Thesis summary

  6. مقايسه روش هاي مبتني بر درخت تصميم در ارزيابي ژنومي
    سحر عاشوري بنائي 2020
    هدف از انجام تحقيق حاضر مقايسه سه روش يادگيري ماشين درخت رگرسيوني (Regression Tree)، جنگل تصادفي (Random Forest) و Boosting در ارزيابي ژنومي بود. . اگرچه تا كنون روش هاي جنگل تصادفي و Boosting در ارزيابي ژنومي مورد استفاده قرار گرفته بودند اما اطلاعاتي در مورد عملكرد درخت رگرسيوني در پيش بيني ارزش هاي اصلاحي در دسترس نبود. در ضمن بين اين سه روش نيز از نظر صحت پيش بيني و مدت زمان انجام محاسبات و ميزان حافظه مورد نياز نيز مطالعه جامعي صورت نگرفته بود. بدين منظور ژنومي متشكل از 5 كروموزوم هريك به طول 1مورگان شبيه سازي شد كه روي آن 5000 نشانگر تك نوكلئوتيدي (SNP) با فراواني اوليه 5/0 در دو سناريوي 10 و 100 QTL به طو يكنواخت پخش شد. اثر جايگزيني QTLها با استفاده از توزيع نرمال استاندارد، يكنواخت وگاما در سه سطح از وراثت پذيري (1/0، 3/0 و 5/0) مدل سازي شدند. در ادامه عملكرد سه روش مورد نظر در سناريوي هاي مختلف از نظر تعدادQTL ، سطوح وراثت پذيري و توزيع اثرات QTL مورد مقايسه قرار گرفت. همبستگي بين ارزش هاي اصلاحي ژنومي پيش بيني شده و ارزش هاي اصلاحي ژنومي شبيه سازي شده به عنوان شاخص صحت پيش بيني ارزيابي ژنومي جهت مقايسه روش ها مورد استفاده قرار گرديد. نتايج بدست آمده برتري روش جنگل تصادفي را نسبت به روش درخت رگرسيوني نشان داد و همچنين برتري اين روش بر روش Boosting در غالب سناريوي هاي بررسي شده مشاهده شد، اگرچه تفاوت هاي دو روش فقط در برخي سناريوها معني دار بود) 05/0p<). در هر سه روش با افزايش وراثت پذيري و كاهش تعداد QTL صحت پيش بيني ارزش هاي اصلاحي افزايش يافت. توزيع اثرات QTL در اكثر سناريوها تاثيري بر افزايش صحت پيش بيني ارزش هاي اصلاحي ژنومي نداشت و فقط توزيع گاماي اثرات QTL در برخي سناريوها صحت پيش بيني را افزايش داد. درخت رگرسيوني اگرچه سرعت بالايي داشت و حافظه كمي را صرف انجام آناليزها كرد اما صحت پيش بيني ارزش هاي اصلاحي آن بسيار پايين يود و لذا جهت ارزيابي ژنومي پيشنهاد نمي شود. روش Boosting از نظر سرعت محاسباتي بسيار كند بود و در ضمن به حافظه زيادي جهت انجام آناليزها احتياج داشت. از آنجا كه صحت روش روش جنگل تصادفي نسبت به دو روش ديگر بيشتر بود و از نظر سرعت محاسباتي و ميزان حافظه مورد نياز نيز عملكرد خوبي از خود نشان داد، ما اين روش را جهت ارزيابي ژنومي پيشنهاد م
    Thesis summary

  7. بررسي عملكرد رشد و توليد مثل بره هاي آميخته حاصل از آميزش قوچ رومانوف با ميش هاي لري ، لري بختياري و افشاري
    بيژن بهمني 2020
    به دليل بهره گيري از خواص هتروزيس، در بيشتر صفات توليدي، به ويژه صفات با توارث پذيري پايين، پيشرفت در اثر آميخته گري قابل ملاحظه مي باشد. اين پژوهش به منظور بررسي اثر آميخته گري قوچ رومانوف باميش هاي لري، لري بختياري و افشاري بر صفات رشد و عملكرد توليدمثلي بره هاي دورگ حاصل انجام شد. براي اين منظور از اطلاعات 895 رأس ميش تلقيح شده با رومانف، متعلق به دامپروري شركت كشت و صنعت و گردشگري فجر صفاي لرستان واقع در شهرستان خرم آباد استفاده گرديد. ركوردها با استفاده از نرم افزار SAS تجزيه و تحليل شدند. در تركيب هاي مختلف نژادي، ميانگين وزن تولد بره هاي نر از بره هاي ماده و تك قلوها از دوقلوها به طور معني داري سنگين تر بودند (05/0p<). در بين تركيب هاي نژادي مختلف از نظر وزن تولد، بره هاي بختياري-رومانف، افشاري-رومانف و لري-رومانف در رتبه اول تا سوم قرار گرفتند، به طوري كه تفاوت وزن تولد بره هاي بختياري-رومانف و افشاري-رومانف نسبت به لري-رومانف معني دار بود. در تركيب هاي مختلف نژادي، متوسط افزايش وزن روزانه از تولد تا شيرگيري بره هاي نر از بره هاي ماده و براي بره هاي يك قلو به طور معني داري از دوقلو بيشتر بود. در بين تركيب هاي نژادي مختلف نيز تركيب نژادي بختياري-رومانف و افشاري-رومانف از لري-رومانف به طور معني داري افزايش وزن روزانه بيشتري داشتند (05/0p<). در تركيب هاي مختلف نژادي، بره هاي نر در مقايسه با بره هاي ماده و بره هاي تك قلو در مقايسه بـا بـره هـاي دوقلـو وزن شيرگيري بيشـتري داشتند. همچنين وزن شيرگيري بره هاي آميخته بختياري-رومانف و افشاري-رومانف تفاوت معني داري نداشت در حاليكه هر دو تركيب به طور معني داري از لري-رومانف سنگين تر بودند (05/0p<). در همه تركيب هاي نژادي، متوسط افزايش وزن روزانه از شيرگيري تا پنج ماهگي بره هاي نر به طور معني داري از بره هاي ماده و براي بره هاي يك قلو به طور معني داري از دوقلو بيشتر بود. همچنين در بين تركيب هاي نژادي مختلف نيز تفاوت معني داري از نظر اين صفت وجود نداشت. به طور مشابه با ساير صفات رشد، وزن پنج ماهگي بره هاي نر از ماده و همچنين بره هاي يك قلو به-طور معني داري از تيپ دوقلو بيشتر بود و در بين تركيب هاي نژادي مختلف وزن پنج ماهگي بره هاي بختياري-رومانف و افشاري-رومانف از لري-رومانف به طور معني داري بيشتر بود. همين نتايج براي صفت
  8. مقايسه كارايي روش rrBLUPMethod6 بابرخي روش هاي رايج در انتخاب ژنومي دامها
    زهرا احمدي 2020
    هدف از انجام تحقيق حاضر، مقايسه عملكرد روش rrBLUP-method6با برخي روش هاي آماري رايج (rrBLUP، GBLUP و BayesA) در پيش بيني ارزش هاي اصلاحي ژنومي دام ها در سناريوهاي مختلف از سطوح مختلف وراثت پذيري، توزيع اثرات QTL و نيز تعداد متفاوت جايگاه هاي صفات كمي (QTL) با استفاده از شبيه سازي كامپيوتري بود. بدين منظور ژنومي حاوي 5000 نشانگر تك نوكلئوتيدي دو آللي (SNP) روي 5 كروموزوم هر كدام به طول 1 مورگان شبيه سازي، و سطوح مختلف وراثت پذيري (1/0، 3/0 و 5/0)، توزيع هاي متفاوت اثرات QTL (يكنواخت، نرمال و گاما) و نيز دو سناريو از تعدادQTL (50 و 500 QTL) به صورت فرضيه هاي شبيه سازي در نظر گرفته شد. با تغيير در تعداد QTL ها از 50 به 500 تغيير معني داري در صحت پيش بيني مشاهده نشد. در بعضي موارد با افزايش تعدادQTL، صحت پيش بيني تا حدودي كاهش يافت و در موارد ديگر اندكي افزايش مشاهده شد. در مقابل در همه روش ها با افزايش سطح وراثت پذيري، صحت ارزش هاي اصلاحي ژنومي به طور معني داري افزايش پيدا كرد. نحوه مدل سازي اثرات QTL نيز تاثير معني داري بر صحت پيش بيني ارزش هاي اصلاحي نداشت. روش rrBLUPm6 در سناريو 50 QTL تفاوت معني داري با ساير روش ها نداشت اما در سناريو 500 QTL از صحت بالاتري برخوردار بود و تفاوت آن خصوصا در سطح وراثت پذيري 1/0 و 3/0 نسبت به rrBLUP معني دار بود (p<0.05). در سناريو 50 QTL روش BayesA عملكرد بهتري نسبت به ساير روش ها داشت اگر چه تفاوت ها معني دار نبود (p>0.05). در ميان روش هاي مورد مطالعه روش rrBLUPm6 از نظر تخصيص حافظه با 38 كيلوبايت كارآمدترين روش بود. از اين نظر، روش GBLUP با 25/38 كيلوبايت، روش BayesA با 584 كيلوبايت و روش rrBLUP با 1800 كيلوبايت در رتبه هاي بعدي قرار گرفتند. از نظر مورد زمان انجام محاسبات نيز روش rrBLUPm6 با مدت زمان 33 ثانيه در رتبه اول قرار گرفت و روش هاي GBLUP با 38 ثانيه، rrBLUP با 170 ثانيه و BayesA با 246 ثانيه به ترتيب در رتبه هاي بعد قرار گرفتند. نتايج اين تحقيق نشان داد از آن جا كه روش rrBLUPm6 ارزش هاي اصلاحي ژنومي را با صحت بالايي پيش بيني مي-كند و در ضمن از نظر مدت زمان انجام محاسبات و ميزان حافظه مورد نياز نيز بسيار كارآمد است مي توان آن را براي انتخاب ژنومي مورد استفاده قرار داد.
    Thesis summary

  9. آثار عوامل ثابت در مدل هاي مختلط حيواني بر برآورد اجزاي واريانس و ارزش هاي اصلاحي صفات وزن بدن در گوسفندان مغاني
    بهزاد گلي 2020
    NA
    Thesis summary

  10. ارزيابي ژنومي صفات آستانه اي در حالت هاي مختلف از تعداد آستانه با استفاده از روشهاي آماري پارامتري و ناپارامتري
    محمد قاسمي 2020
    هدف اين تحقيق مقايسه عملكرد سه روش SVM، GBLUP و BayesB و معرفي روشي با بيشترين صحت پيش بيني در ارزيابي ژنومي صفات آستانه اي و هم چنين مطالعه تاثير تعداد آستانه، وراثت پذيري و تعداد جايگاه هاي صفات كمي (QTL) بر صحت ارزيابي ژنومي صفات آستانه اي بود. به اين منظور ژنومي متشكل از 3 كروموزوم هريك به طول 1 مورگان براي 1000 فرد شبيه سازي شد كه روي آن 1000 نشانگر تك نوكلئوتيدي دو آللي (SNP) به طور يكنواخت پخش شدند. از سه روش SVM، GBLUP و BayesB براي برآورد اثر SNPها و ارزش هاي اصلاحي ژنومي در سناريوهاي مختلف از تعداد آستانه (1 الي 6 آستانه) با 2، 3، 4، 5، 6 و 7 كلاس فنوتيپي، تعداد QTL (30 و 300 QTL) و وراثت پذيري صفت (1/0، 3/0، 5/0) استفاده شد. با افزايش تعداد آستانه از 1 آستانه به 6 آستانه صحت ارزيابي ژنومي در هر سه روش افزايش پيدا كرد. البته افزايش در صحت ارزيابي ژنومي در زماني كه تعداد آستانه از 1 به 2 آستانه افزايش پيدا كرد بسيار قابل توجه تر بود نسبت به زماني كه تعداد آستانه از 2 به 3 و بالاتر تغيير كرد. در تعداد آستانه برابر 1 و وراثت پذيري پايين روش SVM عملكرد بسيار ضعيفي از خود نشان داد به طوري كه صحت پيش بيني آن به به طور معني داري پايين تر از دو روش ديگر بود (05/0>p). به طور كلي تقريبا در تمامي سناريوهاي بررسي شده روش هاي BayesB و GBLUP از صحت پيش بيني بالاتري نسبت به روش SVM برخوردار بودند هر چند در برخي موارد تفاوت مشاهده شده معني دار نبود. با افزايش وراثت پذيري صحت ارزيابي ژنومي افزايش پيدا كرد به طوري كه حداكثر صحت پيش بيني در وراثت پذيري 5/0 مشاهده شد. تغيير در تعداد QTL از 30 QTL به 300 QTL تغيير محسوسي در صحت پيش بيني ارزشهاي اصلاحي ژنومي (صحت ارزيابي ژنومي) ايجاد نكرد. با توجه به نتايج پيشنهاد شد كه براي ارزيابي ژنومي صفات با يك آستانه از روش SVM استفاده نشود و به جاي آن از روشهاي توانمندتري مانند GBLUP و BayesB استفاده شود.
    Thesis summary

  11. مقايسه عملكرد دو روش k-نزديكترين همسايه و جنگل تصادفي در بازيابي ژنوتيپ هاي از دست رفته
    فاطمه ونايي 2019
    در اين مطالعه عملكرد دو روش جنگل تصادفي (Random Forest, RF) و k-نزديكترين همسايه (KNN) در بازيابي ژنوتيپ هاي از دست رفته در سناريوهاي مختلف از درصد حذف ژنوتيپ ها، تعداد افراد حاضر در جمعيت و تعداد نشانگر تك نوكلئوتيدي دو آللي (SNP) مورد مقايسه قرار گرفت. به اين منظور، ژنومي متشكل از 1 كروموزوم به طول يك مورگان كه بر روي آن در سناريوهاي مختلف به ترتيب 250، 500، 700 و 1000 SNP با فراواني اوليه يكسان 5/0 توزيع شده بود براي به ترتيب 250، 500، 700 و 1000 فرد شبيه سازي شد. در ادامه جهت ايجاد فايل اطلاعات حاوي ژنوتيپ هاي از دست رفته، اطلاعات ژنوتيپي به ترتيب 5%، 10%، 25%، 50%، 75% و 90% از SNPهاي فراد به طور تصادفي از ماتريس ژنوتيپي افراد حذف شده و مجدداً توسط روش هاي RF و KNN بازيابي شدند. درصد ژنوتيپ هاي به درستي بازيابي شده (نسبت تعداد ژنوتيپ هاي به درستي بازيابي شده به كل ژنوتيپ-هاي از دست رفته) به عنوان شاخصي از صحت بازيابي ژنوتيپ در سناريوهاي مختلف مورد استفاده قرار گرفت. صحت بازيابي ژنوتيپ هاي از دست رفته با استفاده از روش SVD قابل توجه بود به طوري كه با افزايش درصد ژنوتيپ هاي از دست رفته تا 25%، RF و KNN با صحتي در حدود 80% ژنوتيپ هاي از دست رفته را بازيابي نمود. در سناريوهاي50%، 75% و 90% ژنوتيپ از دست رفته صحت بازيابي ژنوتيپ كاهش يافت. در يك درصد ثابت از ژنوتيپ هاي از دست رفته، با افزايش تعداد نشانگر صحت بازيابي ژنوتيپ در هر دو روش RF و KNN افزايش يافت. همچنين، در شرايط برابر از تعداد نشانگر و درصد ژنوتيپ از دست رفته، با افزايش تعداد افراد حاضر در جمعيت از 250 فرد به 1000 فرد، توانايي بازيابي ژنوتيپ توسط هر دو روش RF و KNN افزايش يافت. به طور كلي روش روش RF از عملكرد بهتري نسبت به روش KNN برخوردار بود به نحوي كه صحت بازيابي ژنوتيپ توسط روش RF در سناريوهاي مختلف به طور ميانگين 10% بالاتر از روش KNN بود.
    Thesis summary

  12. برآورد تنوع هاي ژنتيكي اتوزومال و وابسته به جنس براي صفات وزن بدن در گوسفند مغاني
    پرستو محبي 2018
    ژن هاي وابسته به جنس (قرار گرفته روي كروموزوم X) بخش قابل توجهي از ژنوم را تشكيل مي-دهند، لذا ممكن است آثار قابل توجهي بر برخي از صفات كمي داشته باشتد. هدف از اين پژوهش بررسي تنوع ژنتيكي وابسته به جنس صفات وزن بدن در گوسفند مغاني بود. داده ها به كار برده شده شامل ركوردهاي وزن بدن گوسفندان مغاني بودند كه طي سال هاي 1374 تا 1394 در مركز تحقيقات و اصلاح نژاد دام جعفرآباد مغان در استان اردبيل جمع آوري شده بودند. ركوردهاي تصحيح شده براي سن، براي تجزيه دو مرحله هاي به كار برده شدند و ركوردهاي خام توسط مدل هاي تك مرحله-اي تجزيه شدند. به طور كلي، 23170 ركورد تصحيح شده توسط مدل هاي دو مرحله اي تجزيه شدند و 22158 و 11397 ركورد به ترتيب براي تجزيه توسط مدل هاي رگرسيون ثابت و رگرسيون تصادفي به كار برده شدند. آثار ثابت مؤثر بر صفات مختلف با تجزيه هاي مدل هاي خطي عمومي تعيين شدند، كه بر اساس نتايج به دست آمده، سال-فصل تولد، نوع تولد، جنس و سن مادر هنگام زايش به عنوان آثار ثابت در همه مدل ها و ضريب هم خوني به عنوان عامل همبسته براي وزن تولد و وزن از شيرگيري در مدل هاي دومرحله اي در نظر گرفته شدند. مدل هاي دو مرحله اي شامل تركيب هاي مختلفي از آثار تصادفي ژنتيكي افزايشي مستقيم (A)، ژنتيكي افزايشي وابسته به جنس مستقيم (S)، ژنتيكي مادري (G) و محيطي مادري (E) بودند. در مدل هاي رگرسيون ثابت، علاوه بر تركيب هاي مختلف آثار تصادفي ژنتيكي افزايشي مستقيم (A)، ژنتيكي افزايشي وابسته به جنس مستقيم (S)، محيطي دائمي (P)، ژنتيكي مادري (G) و محيطي مادري (E)، رگرسيون ثابت وزن روي سن بر اساس چند جمله اي هاي لژاندر درجه 3، 4 يا 5، نيز براي برازش ميانگين روند رشد در جمعيت در نظر گرفته شد. در مدل هاي رگرسيون تصادفي، علاوه بر يك تابع ثابت براي برازش ميانگين روند جمعيت، تركيب هاي گوناگون از توابع تصادفي براي برازش اثرات تصادفي ژنتيكي افزايشي مستقيم (A)، ژنتيكي افزايشي وابسته به جنس (S)، محيطي دائمي (P) و ژنتيكي مادري (G) و محيطي مادري (E) در نظر گرفته شدند، به گونه اي كه يك تابع چند جمله اي لژاندر درجه 4 و توابع درجه 3 يا 4 لژاندر به ترتيب، براي توابع ثابت و تصادفي به كار برده شدند. اجزاي واريانس با تجزيه هاي تك متغيره و چند متغيره مدل هاي دو مرحله اي و مدل هاي رگرسيون ثابت و رگرسيون تصادفي، به عنوان مدل
    Thesis summary

  13. بررسي توزيع فراواني كدون ها در ژنوم برخي حيوانات اهلي
    زينب كافي 2017
    چكيده انسان و حيوانات اهلي قرن ها است كه از يك ديگر بهره مي برند و به رفاه يك ديگر كمك مي كنند. اين حيوانات در ورزش، ايجاد شغل، درآمد، تفريح و سرگرمي براي ميليون ها نفر مورد استفاده قرار مي گيرند همين امر باعث شده است كه در سال هاي اخيرمطالعات گسترده اي در زمينه ژنتيك و اصلاح نژاد حيوانات اهلي انجام شود. بديهي است داشتن اطلاعات بيشتر درباره ساختار ژنوم و نحوه عملكرد DNA، RNA و پروتئين كمك زيادي به انجام فرآيندهاي اصلاح نژادي مي كند. امروزه تجزيه و تحليل توالي ژنوم يكي از كارهاي رايجي است كه به وسيله رشته بيوانفورماتيك انجام مي شود، يكي از راه هاي اين آناليز در رشته بيوانفوماتيك مقايسه بين ژنوم هاي مختلف است. در ژنوميك مقايسه اي، كل ژنوم و يا بخش بزرگي از توالي ژنوم از نظر مشابهت هاي زيستي پايه، تفاوت ها و همچنين روابط تكاملي بين موجودات مورد مقاسيه قرار مي گيرند. در اين پژوهش ، به بررسي و مقايسه توزيع فراواني كدون ها در ژنوم هسته اي، ژنوم ميتوكندريايي و توالي mRNA برخي حيوانات اهلي پرداخته شده است. براي اين منظور توالي ژنوم هاي هسته اي، ميتوكندريايي و توالي mRNA حيواناتي از جمله مرغ، بوقلمون، گاو، گوسفند، بز، موش، موش صحرايي، اردك ماهي، ماهي تيلاپيا، ميمون و انسان از طريق بانك اطلاعاتي NCBI به دست آمد. فرمت فايل هاي به دست آمده به صورتFASTA بودكه پس از ويراش فايل ها توسط نرم افزار EmEditor، فراواني ظاهري همه توالي هاي سه تايي ممكن (كدون ها) با استفاده از بسته seqinr نرم افزار R شمارش شد، سپس فراواني هاي به دست آمده به درصد تبديل شد و به وسيله نرم افزارهايي چون SPSS و Excel مورد بررسي وتجزيه و تحليل قرار گرفت. در نهايت با توجه به اينكه اطلاعات ژنتيكي به شكل كدون ها يا به عبارتي توالي هاي سه نوكلئوتيدي هستند كه به اسيدهاي آمينه ترجمه مي شوند فراواني اسيدهاي آمينه در هر سه ژنوم با استفاده از نرم افزارهايي چون SPSS و Excelتجزيه و تحليل شد. نتايج نشان داد كه طول ژنوم هسته اي، ژنوم ميتوكندريايي و mRNA ها در حيوانات مختلف متفاوت است و طول ژنوم ميتوكندريايي در هر يازده گونه Kbp 16 است. برابري تعداد نوكلئوتيد هاي A با تعداد نوكلئوتيدهاي T و تعداد نوكلئوتيدهاي C با تعداد نوكلئوتيدهايG در ژنوم هسته اي و توالي mRNA همه حيوانات مورد مطالعه مشاهده شد اما اين برابري بين تعداد نوكل