پروفایل استاد - دانشگاه بوعلی سینا همدان
Assistant Professor
Update: 2024-05-16
Ahmad Ahmadi
Faculty of Agriculture / Department of Animal Sciences
Ph.D. Dissertations
-
شناسايي گيرنده هاي استروژن توسط روش ايمنوهيستوشيميكال و بررسي بيان ژن TRPV6 در رابطه با توليد و كيفيت پوسته تخم مرغ درمرغ تخم گذار تحت روش هاي مختلف تولك بري
عباس عاشوري 2021مطالعه حاضر به منظور بررسي اثر سينرژيستيك آنزيم فيتاز و پروبيوتيك بر قابليت هضم كلسيم، فسفر، نشاسته و بازده اقتصادي مرغ تخم گذار سويه نيك چيك طراحي گرديد. تعداد 144 قطعه مرغ تخم گذار با طرح كاملا تصادفي در قالب آزمايش فاكتوريل در سن 86 هفتگي شامل 6 تيمار،4 تكرار و 6 قطعه مرغ در هر تكرار به مدت 8 هفته پرورش داده شد. تيمارهاي آزمايش شامل سطوح مختلف آنزيم فيتاز (300-0 ميلي گرم) و پروبيوتيك (100-50-0 ميلي گرم) در كيلو گرم خوراك بود. در پايان هر هفته، از هر تكرار دو عدد تخم مرغ به طور تصادفي انتخاب و خصوصيات خارجي و داخلي تخم مرغ اندازه گيري شد. نشانگر غير قابل هضم(اكسيد تيتانيوم) (05/0)؛ براي اندازه گيري قابليت هضم مواد مغذي به جيره اضافه شد و قابليت هضم اسيد آمينه لايزين مورد نياز ونسبت نياز متيونين به قابليت هضم لايزين مورد نياز محاسبه گرديد و از طرفي بازده اقتصادي طبق معادلات مربوطه محاسبه شد.اثر سطوح فيتاز بر توليد تخم مرغ ، توده تخم مرغ و بازده اقتصادي كاهش معني دار داشت (05/0>P) بعلاوه ضريب تبديل غذايي را افزايش داده و بر مصرف خوراك و وزن تخم مرغ تاثيري نداشتند(05/0
-
بررسي برخي ژن هاي موثر بر چند قلوزايي و ترانسكريپتوم تخمداني ميش در چرخه فحلي
رضا طالبي 2017رشد فوليكول هاي تخمداني ميش در خلال فصل توليدمثل در هر دو فاز فوليكولار و لوتئال از چرخه فحلي و همچنين در خارج از فصل نيز اتفاق مي افتد. اين درحالي است كه فوليكول ها تحت تأثير هورمون هاي اندوكريني كاملاً مجزا قرار مي گيرند. از ميان مخزن فوليكول هاي كوچك تخمدان ميش، تنها يك يا دو عدد مي توانند بالغ شده و به مرحله تخمك ريزي برسند. غالباً با افزايش نرخ فوليكول زايي و تخمك ريزي در متعاقب منجر به افزايش توان باروري ميش نيز خواهد شد. تاكنون ارتباط هاي معني دار بسياري بين چندشكلي-ها در ژن هاي بزرگ اثر و يا كانديد با نرخ پروليفيكاسي به اثبات رسيده است. فوليكول هاي آنترال كوچك در تمام گامه هاي تخمدان مشخصات ظاهري و بافت شناسي يكسان را به عنوان مخزن فوليكول هاي تخمداني تا رسيدن به فوليكول زايي نهايي دارند. لذا به دليل ابهامات بسيار از سرنوشت اين دسته از فوليكول هاي تخمداني از جنبه هاي مولكولي، تصميم به شناسايي و مقايسه ي پروفايل جامع از ترانسكريپتوم سلول هاي گرانولوزاي ميش از فوليكول هاي آنترال كوچك (1-3 ميلي متري) در فازهاي فوليكولار و لوتئال از چرخه فحلي و همچنين در فصل غير توليدمثلي شد. نمونه سلول هاي گرانولوزا از تخمدان هاي تعداد 8 ميش نژاد رومان فرانسوي پس از همزمان سازي فحلي طي فازهاي فوليكولار (4 ميش) و لوتئال (4 ميش) دريافت شدند. نمونه هاي خارج فصل از دو دسته تخمدان هاي كشتارگاهي نژاد مهربان در اواخر تيرماه حاصل شدند. پس از استخراج RNA و تعيين كميت، خلوص و كيفيت، ساخت كتابخانه cDNA انجام شد. تعداد ده نمونه بصورت paired end به روش تكنولوژي RNA-seq به وسيله دستگاه Illumina HiSeq 3000 توالي يابي شدند. از ابزارهاي بيوانفورماتيكي از قبيلFastqc ، STAR 2، Samtools، Rmdup، Sigcufflinks، SARTools، DESeq2 و غيره تحت زبان برنامه نويسي R و همچنين Galaxy از پلاتفورم بيوانفورماتيك Toulouse Midi-Pyrénées جهت آناليز 20 نمونه حاصله از خوانش هاي شماره 1 و2 استفاده شدند. بر حسب شاخص FPKM، تعداد 14354 و 14208 ژن به ترتيب در فاز فوليكولار و لوتئال تخمداني از چرخه فحلي بيان شدند و همچنين تعداد 14686 ژن نيز در فاز آنستروس از فصل غيرتوليدمثلي بيان شدند. ضمناً تعداد 659، 332 و 822 ژن به طور اختصاصي به ترتيب در فاز فوليكولار، لوتئال و آنستروس در سلول هاي گرانولوزاي فوليكول هاي آنترال كوچك بيان
M.Sc. Theses
-
شناسايي چندشكلي ژن فوليستاتين و ارتباط آن با صفات مختلف درگوسفند
زهرا حاجيلوئي 2022پيش بيني مي شود جمعيت جهان تا سال 2050 ميلادي به بيش از 9 ميليارد نفر برسد. بر اين اساس سازمان جهاني غذا و كشاورزي (FAO) يك افزايش 73 درصدي براي تقاضاي گوشت برآورد مي كند. با توجه به چالش هاي اقليمي جهاني از قبيل گرمايش زمين و افزايش گازهاي گلخانه اي، بحران جهاني آب، كمبود مراتع، هزينه بالاي توليد نهاده هاي دامي و غيره لذا بعيد به نظر مي رسد تا با افزايش تعداد دام بتوان به تأمين نيازهاي پروتئين دامي دست يافت. از اينرو بر اساس چشم انداز كشاورزي كشورهاي عضو سازمان توسعه و همكاري هاي اقتصادي (OECD-FAO) براي دهه آتي، نياز به بهبود كارايي توليدات دام و طيور بايستي مورد اولويت قرار بگيرد.فوليستاتين(FST)پروتئين تك زنجيره اياعضايخانوادهTGF-βاست.كهبهعنوان يكي ازهورمون هاي پپتيدي تخمداني شناخته مي شود.علاوه بر بيان پروتئين فوليستاتين در بافت تخمدان، اين پروتئين دربافت عضله نيز بيان مي شودوداراي نقش هاي زيست شناختي بسياري مي باشد.علاوه بر احتمال نقش توليدمثلي،پروتئين فوليستاتين به عنوان مهاركننده وعامل ضد(آنتاگونيست )پروتئين ميوستاتين درتكثير سلول هاي عضلاني نقش دارد.ژن فوليستاتين(FST)برروي كروموزوم شماره16گوسفندقرارگرفته،وداراي6اگزون و6 اينترون مي-باشد.اين تحقيق با هدف بررسي چندشكلي هاي موجود درژن فوليستاتين (OAR_v.4.0;Chr16,NC_019473.2)درنژادهاي گوسفندان ايراني با دودسته بندي ازلحاظ جثه از قبيل نژادهاي بزرگ جثه(مهربان، لري-بختياري،شال،افشاري،آميخته رومانو-افشاري)ونژادكوچك جثه(تالشي) با استفاده ازروش توالي يابي سانگروتكنيك PCR-SSCPانجام شد.درمجموع از تعداد 140 راس گوسفند ازنژادهاي بزرگ جثه ازقبيل مهربان،لري-بختياري،شال،افشاري،آميخته رومانو-افشاري ونژاد گوسفندكوچك جثه تالشي ازسياهرگ گردني نمونه هاي خون جمع-آوري شدند.استخراج DNAژنومي از خون كامل انجام شد.واكنش زنجيره اي پليمراز (PCR)با استفاده ازپرايمر هاي اختصاصي براي تكثير قطعه پرايمر2به طول428جفت باز(بخشي ازانترون 1-اگزون2-بخشي ازانترون 2)وقطعه پرايمر3به طول581جفت باز(بخشي ازانترون 2-اگزون 3-بخشي ازانترون3) وقطعه پرايمر4به طول458جفت باز(بخشي ازانترون3-اگزون4بخشي ازانترون4)ژن فوليستاتين درتمامي نژادهاانجام شد.تعداد5 تا 10نمونه با جنسيت ماده ازهرنژادبراي توالي يابي ارسال شدند،نتايج توالي يابي حاكي ازشناسايي چندشكليSNPg.2562802
-
مقايسه روش هاي مختلف آماري در ارزيابي ژنومي صفات داراي معماري ژنتيك افزايشي و غالبيت
جواد خرمي 2022چكيده هدف از انجام اين تحقيق مقايسه روش هاي مختلف آماري ازجمله GBLUP ،BaeseA ، BayeseB ،BayeseC ،BayesLasso ،Ridge Regression، Boosting وSVM در ارزيابي ژنومي صفات با معماري ژنتيكي افزايشي و غالبيت بود. ژنومي متشكل از 5 كروموزوم و هر يك به طول يك مورگان شبيه سازي شد و روي هر كروموزوم 1000 نشانگر تك نكلئوتيدي (SNP) به طور يكنواخت پخش شد. در دو سناريو مختلف 500 و 50 QTL در نظر گرفته شد و توزيع اثرات آنها با توزيع نرمال، گاما و يكنواخت مدل سازي شد. به ترتيب به 10، 20، 50 و 100% از QTLها اثر غالبيت داده شد. جمعيت پايه به تعداد 100 فرد (50 نر و 50 ماده) شبيه سازي شده و براي ايجاد LD اجازه داده شد تا براي 50 نسل به طور تصافي در آن آميزش صورت بگيرد. در نسل 51، اندازه جمعيت به 1000 فرد افزايش داده شد كه اين افراد داراي اطلاعات ژنوتيپي و فنوتيپي بوده و جمعيت مرجع را تشكيل مي دهند. افراد نسل 52 از آميزش افراد نسل 51 ايجاد شدند كه با افراد جمعيت مرجع داراي رابطه خويشاوندي بودند. افراد نسل 52، جمعيت تأييد (حيوانات كانديد انتخاب) را تشكيل مي دادند و تفاوت آنها با حيوانات جمعيت مرجع اين بود كه فاقد اطلاعات فنوتيپي بودند. از دو شاخص صحت ارزيابي پيش بيني ژنومي و اريبي براي تجزيه و تحليل نتايج و مقايسه روش ها استفاده شد. نتايج نشان داد كه عدم تفكيك اثرات غالبيت از اثرات افزايشي منجر به كاهش صحت ارزيابي ژنومي و افزايش اريبي ارزش هاي اصلاحي ژنومي خواهد شد. در تمامي سناريوهاي بررسي شده از توزيع اثرات QTL، تعداد QTL و درصدهاي مختلف از QTLهاي داراي اثر غالبيت، روش هاي بيزي استفاده شده از صحت پيش بيني بالاتري برخوردار بودند و برآوردهاي آنها حداقل اريبي را داشت. روش Boosting به طور معني داري از كمترين صحت پيش بيني برخوردار بود و اريبي برآوردهاي آن نيز از بقيه روش هاي مطالعه شده بيشتر بود. عملكرد روش SVM و رگرسيون ريج نيز از Boosting بهتر بود اما از روشهاي بيزي و GBLUP در برخي سناريوها كمتر بود. از نظر سرعت انجام محاسبات نيز GBLUP سريعترين و Boosting كندترين روش بودند.
Thesis summary
-
بررسي چندشكلي ژن TLR4 و ارتباط آن با بيماري بروسلوز در گوسفند مهربان
خليل رضوي 2021ژن گيرنده ناقوسي شكل شماره 4 (TLR4) به عنوان يكي از ژن هاي موثر در مقاومت يا حساسيت به بيماري ها شناخته شده است. در مطالعه حاضر، چندشكلي هاي اگزون شماره سه ژن TLR4 و ارتباط آنها با مقاومت يا حساسيت به بيماري بروسلوز در گوسفند مهربان با استفاده از روش چندشكلي آرايش فضايي تك رشته اي (SSCP) و توالي يابي DNA مورد ارزيابي قرار گرفت. از تعداد 326 راس ميش نژاد مهربان كه شامل ميش هاي با سابقه سقط و ميش هاي بدون سابقه سقط بودند نمونه خون در دو لوله با EDTA و بدون ماده ضد انعقاد تهيه گرديد. وجود يا عدم وجود عفونت بروسلوز با آزمايش هاي سرولوژيك پليت رزبنگال، رايت و الايزا روي همه نمونه ها بررسي گرديد و استخراج DNA بر روي 120 نمونه خون گوسفندان (37 نمونه آلوده و 83 نمونه غيرآلوده به بروسلوز) انجام شد. با واكنش زنجيره اي پليمراز (PCR) يك قطعه 256 جفت بازي از اگزون شماره سه ژن TLR4 همه نمونه ها تكثير گرديد. با بررسي نتايج روش SSCP و داده هاي توالي يابي، هفت جهش تك نوكلئوتيدي شامل g.1032G>C، g.1066T>C، g.1088A>G، g.1091T>C، g.1097C>G، g.1132C>T وg.1183G>T در پنج الگوي متفاوت SSCP شناسايي شد كه به جز جهش g.1132C>T، بقيه باعث تغيير كدون هاي اسيدآمينه مي شوند. بررسي آماري با استفاده از آزمون كاي اسكور، ارتباط معني دار بين ژنوتيپ ها و ميزان حساسيت يا مقاومت به بيماري بروسلوز را در گوسفندان مهربان نشان داد كه مهمترين آنها چندشكلي تك نوكلئوتيد g.1066T>C بود كه باعث جايگزين شدن اسيد آمينه لوسين به جاي فنيل آلانين در كدون شماره 356 زنجيره پروتئيني مي شود و همه گوسفندان با ژنوتيپ CC حساس به بروسلوز بودند. مطالعه حاضر نشان مي دهد كه ژن TLR4 مي تواند يك نشانگر ژنتيكي بالقوه براي بررسي مقاومت يا حساسيت به بيماري بروسلوز در گوسفند باشد.
-
چند شكلي ژن FSHR در گوسفند مهربان و ارتباط آن با صفت چند قلوزايي
محمد رباني 2021ژن هورمون محرك فوليكولي (FSHR) نقش مهمي در تحريك رشد آندومتريوم،توسعه فوليكولي و بلوغ،توليد استراديول و تخمك گذاري دارد. در مطالعه حاضرچند شكلي هاي اگزون 7 و 8 و REG ژنFSHR و ارتباط آن ها با سه قلوزايي (تعداد بره در هر زايش) با استفاده از روش چندشكلي آرايش فضايي تك رشته اي(SSCP)و توالي يابيDNA در 120 رأس ميش نژاد مهربان شامل ميش هاي تك قلوزا، سه قلوزا مورد ارزيابي قرار گرفت. در واكنش زنجيره اي پلي مراز (PCR)يك قطعه 300 جفت بازي اگزون 7 و8 و يك قطعه 243 جفت بازي از REG ژن FSHR تكثير شدند. چهار جهش تك نوكلئوتيدي شامل : g.88 T>C g.210 G>T ، g.212 G>C ،g.221 A>G مريوط به REG ژن FSHR در گوسفندان نژاد مهربان هتروزيگوت بودند. و در قطعه 300 اگزون 7 و 8 داراي 3 الگوي متفاوت و هيچ جهشي مشاهده نشد. بررسي ارتباط بين ژنوتيپ ها و صفت چندقلوزايي (تعداد بره در هر زايش) با استفاده از آزمون كاي اسكوردر اگزون 7 و 8 هيچ تفاوت معني داري ندارد، اما ارتباطات معني داري بين سه ژنوتيپ شناسايي شده در ناحيه REG ژن FSHR صفت چند قلوزايي مشاهده شد.
Thesis summary
-
اثر سينرژستيك آنزيم فيتاز و پروبيوتيك بر قابليت هضم اسيدهاي آمينه ، نشاسته و تغذيه اقتصادي مرغ هاي تخمگذار سويه نيك چيك
زهره شيرمحمدي 2021مطالعه حاضر به منظور بررسي اثر سينرژستيك آنزيم فيتاز و پروبيوتيك بر قابليت هضم اسيدهاي آمينه، نشاسته و تغذيه اقتصادي مرغ تخم گذار سويه نيك چيك طراحي گرديد. تعداد 144 قطعه مرغ تخم گذار در با طرح كاملا تصادفي در قالب فاكتوريل در سن 86 هفتگي شامل 6 تيمار،4 تكرار و 6 قطعه مرغ در هر تكرار به مدت 8 هفته پرورش داده شد. تيمارهاي آزمايش شامل سطوح مختلف آنزيم فيتاز (300-0 ميلي گرم) و سطوح مختلف پروبيوتيك (100-50-0 ميلي گرم) بودند. لازم به ذكر است كه پروبيوتيك به صورت سرك به جيره اضافه شد. ميزان مصرف خوراك به صورت هفتگي و تعداد تخم مرغ، وزن تخم مرغ، تعداد تخم مرغ هاي شكسته و لمبه و تلفات احتمالي به صورت روزانه ثبت گرديد. در پايان هر هفته، از هر تكرار دو عدد تخم مرغ به طور تصادفي انتخاب و خصوصيات خارجي، داخلي تخم مرغ اندازه گيري شد و با استفاده از ماركر (اكسيد تيتانيوم) (05/0)؛ قابليت هضم ماده خشك،پروتئين خام، نشاسته، كلسيم، فسفر اندازه گيري شد و قابليت هضم اسيد آمينه لايزين ونسبت نياز متيونين به قابليت هضم نشاسته محاسبه گرديد و بازده اقتصادي طبق معادلات مربوطه محاسبه گرديد. اثر سطوح فيتاز بر توليد تخم مرغ و توده تخم مرغ كاهش معني دار (05/0>P) و بر مصرف خوراك، وزن تخم مرغ،ضريب تبديل غذايي اثرات غير معني داري نشان داد (05/0
-
تنوع ژنتيكي اگزون 8 ژن BMPR1B در گوسفند و ناحيه همولوگ آن در انسان و ارتباط آنها با باروري و چندقلوزايي
فاطمه ربيعي 2021ژن BMPR1B به دليل آثار مهمي كه روي صفت تعداد بره در هر زايش و مكانيسم كنترلي نرخ تخمك گذاري در گوسفند دارد به خوبي شناخته شده است. پژوهش حاضر به منظور بررسي رابطه چندشكلي اگزون 8 اين ژن و بخش همولوگ آن در انسان با صفات باروري و چندقلوزايي انجام شد. نمونه هاي خون از تعداد 83 ميش تك قلوزا و چندقلوزاي نژاد مهربان و 81 زن نابارور، تك قلوزا و دوقلوزا جمع آوري شدند. در واكنش زنجيره ي پليمراز يك قطعه 190 جفت بازي از اگزون 8 ژن BMPR1B تكثير شد. چندشكلي موجود در بخش تكثير شده با روش هاي چند شكلي فضايي تك رشته اي (SSCP) و توالي يابي DNA مورد بررسي بررسي قرار گرفت. چندشكلي هاي مشاهده شده با بخش MegAlign نرم افزار DNASTAR و با توالي هاي مرجع در پايگاه NCBI مقايسه شدند. در ميش هاي مهربان، يك چندشكلي تك نوكلئوتيدي G)→A) با سه ژنوتيپ AA، AG و GG در سه الگوي متفاوت SSCP بخش تكثير شده شناسايي شد. اين جهش در جايگاه 159 از بخش مورد بررسي در ژن BMPR1B جهش برولا است و سبب تبديل اسيدآمينه آرژنين به گلوتامين (R→Q) در جايگاه 78 از توالي پلي پپتيدي با شماره دسترسي AF312016 در پايگاه NCBI مي شود. روش هاي SSCP و توالي يابي DNA هيچ چند شكلي در نمونه هاي انساني نشان نداد. بررسي ارتباط ژنوتيپ هاي مشاهده شده در نمونه هاي گوسفند با تعداد بره در هر زايش، با استفاده از آزمون كاي اسكور، نشان داد كه دو ژنوتيپ AG و GG در اگزون 8 ژن BMPR1B آثار مثبتي روي صفت چندقلوزايي در گوسفند داشتند (05/0>P). با توجه به نتايج به دست آمده، جهش FecB در اگزون 8 ژن BMPR1B مي-تواند براي انتخاب به كمك نشانگرها در گوسفند مورد ملاحظه قرار گيرد. اما با توجه به عدم مشاهده اين جهش در انسان، به نظر مي رسد كه اين ژن نقشهاي متفاوتي در دو گونه انسان و گوسفند ايفا مي كند.
Thesis summary
-
اثر اندازه ذرات كلسيم بر قابليت هضم كلسيم و فسفر،عملكرد و كيفيت پوسته تخم مرغ در مرغان تخم گذار سويه نيك چيك
رضا خليل منش 2021اثر اندازه ذرات كلسيم بر قابليت هضم كلسيم و فسفر،عملكرد و كيفيت پوسته تخم مرغ در مرغان تخم گذار سويه نيك چيك
-
چند شكلي اگزون هاي دو و پنج ژن پرولاكتين و ارتباط آن ها با صفات توليدي در گاوهاي هلشتاين
مهرداد صادقي يكتا 2021صفات توليد شير، از صفات اقتصادي مهم در گاوهاي شيري هستند كه به عنوان صفات كمي، تحت تأثير محيط و تعداد زيادي ژن قرار مي گيرند. با استفاده از نشان گرهاي مولكولي و انتخاب به كمك نشانگرها مي توان بازده انتخاب براي بهبود ژنتيكي صفات توليد شير را افزايش داد. ژن پرولاكتين يكي از ژن هاي عمده مؤثر بر توليد شير است و جستجو براي يافتن چندشكلي هاي مرتبط با صفات توليد شير در آن، براي طرح ريزي انتخاب به كمك نشانگرها براي بهبود ژنتيكي بازده اقتصادي گاوهاي شيري ضروري است. اين مطالعه با هدف بررسي چند شكلي ژنتيكي ژن پرولاكتين و ارتباط آن با صفات توليد شير در جمعيتي از گاوهاي هلشتاين ايران انجام شد. نمونه هاي خون به طور تصادفي از154 رأس گاو شيري هلشتاين متعلق به دو گله، شامل 99 نمونه از گله تليسه نمونه در استان تهران و 55 نمونه از گله درجزين دشت گل در استان همدان جمع آوري شدند. DNA ژنومي به روش فنول _ كلروفرم استخراج شد. كميت و كيفيت DNA استخراج شده با دستگاه نانودراپ و الكتروفورز روي ژل آگارز يك درصد مورد بررسي قرار گرفتند. واكنش زنجيره اي پليمراز براي تكثير يك قطعه 291 جفت بازي در اگزون پنج و يك قطعه 181 جفت بازي از اگزون دو ژن پرولاكتين انجام شد. چند شكلي هاي قطعات تكثير شده با روش چند شكلي فضايي رشته هاي منفرد (SSCP) مورد بررسي قرار گرفتند. از هر الگوي SSCP دو نمونه توالي يابي شدند. تغييرات توالي قطعات تكثير شده با نرم افزار DNASTAR مورد بررسي قرار گرفت. ارتباط ژنوتيپ هاي مشاهده شده و صفات توليدي، شامل توليد شير، توليد چربي، توليد پروتئين، درصد چربي و درصد پروتئين، توسط تجزيه مدل هاي خطي عمومي، با نرم افزار SAS بررسي شد، كه در آن دوره شيردهي، گله و ژنوتيپ به عنوان عوامل ثابت در نظر گرفته شدند. بر اساس نتايج به دست آمده، در جمعيت مورد بررسي، اگزون شماره 2 ژن پرولاكتين تك شكل بود اما در جايگاه 213 جفت بازي اگزون شماره 5 اين ژن، يك جهش A به T مشاهده شد. فراواني هاي ژنوتيپ هاي AA، AT وTT در اين جايگاه، به ترتيب 461/0، 526/0 و 013/0 بود. جهش مشاهده شده در اگزون 5 يك جهش خاموش بود و تأثيري در تغيير توالي اسيدهاي آمينه كد شده نداشت. صفات مورد بررسي، ارتباط معني داري با ژنوتيپ هاي مشاهده شده نداشتند. با توجه به نتايج به دست آمده از اين پژوهش، به نظر نمي رسد كه چندشكلي مشاهده شده در اگزون
Thesis summary
-
مقايسه روش هاي مبتني بر درخت تصميم در ارزيابي ژنومي
سحر عاشوري بنائي 2020هدف از انجام تحقيق حاضر مقايسه سه روش يادگيري ماشين درخت رگرسيوني (Regression Tree)، جنگل تصادفي (Random Forest) و Boosting در ارزيابي ژنومي بود. . اگرچه تا كنون روش هاي جنگل تصادفي و Boosting در ارزيابي ژنومي مورد استفاده قرار گرفته بودند اما اطلاعاتي در مورد عملكرد درخت رگرسيوني در پيش بيني ارزش هاي اصلاحي در دسترس نبود. در ضمن بين اين سه روش نيز از نظر صحت پيش بيني و مدت زمان انجام محاسبات و ميزان حافظه مورد نياز نيز مطالعه جامعي صورت نگرفته بود. بدين منظور ژنومي متشكل از 5 كروموزوم هريك به طول 1مورگان شبيه سازي شد كه روي آن 5000 نشانگر تك نوكلئوتيدي (SNP) با فراواني اوليه 5/0 در دو سناريوي 10 و 100 QTL به طو يكنواخت پخش شد. اثر جايگزيني QTLها با استفاده از توزيع نرمال استاندارد، يكنواخت وگاما در سه سطح از وراثت پذيري (1/0، 3/0 و 5/0) مدل سازي شدند. در ادامه عملكرد سه روش مورد نظر در سناريوي هاي مختلف از نظر تعدادQTL ، سطوح وراثت پذيري و توزيع اثرات QTL مورد مقايسه قرار گرفت. همبستگي بين ارزش هاي اصلاحي ژنومي پيش بيني شده و ارزش هاي اصلاحي ژنومي شبيه سازي شده به عنوان شاخص صحت پيش بيني ارزيابي ژنومي جهت مقايسه روش ها مورد استفاده قرار گرديد. نتايج بدست آمده برتري روش جنگل تصادفي را نسبت به روش درخت رگرسيوني نشان داد و همچنين برتري اين روش بر روش Boosting در غالب سناريوي هاي بررسي شده مشاهده شد، اگرچه تفاوت هاي دو روش فقط در برخي سناريوها معني دار بود) 05/0p<). در هر سه روش با افزايش وراثت پذيري و كاهش تعداد QTL صحت پيش بيني ارزش هاي اصلاحي افزايش يافت. توزيع اثرات QTL در اكثر سناريوها تاثيري بر افزايش صحت پيش بيني ارزش هاي اصلاحي ژنومي نداشت و فقط توزيع گاماي اثرات QTL در برخي سناريوها صحت پيش بيني را افزايش داد. درخت رگرسيوني اگرچه سرعت بالايي داشت و حافظه كمي را صرف انجام آناليزها كرد اما صحت پيش بيني ارزش هاي اصلاحي آن بسيار پايين يود و لذا جهت ارزيابي ژنومي پيشنهاد نمي شود. روش Boosting از نظر سرعت محاسباتي بسيار كند بود و در ضمن به حافظه زيادي جهت انجام آناليزها احتياج داشت. از آنجا كه صحت روش روش جنگل تصادفي نسبت به دو روش ديگر بيشتر بود و از نظر سرعت محاسباتي و ميزان حافظه مورد نياز نيز عملكرد خوبي از خود نشان داد، ما اين روش را جهت ارزيابي ژنومي پيشنهاد م
Thesis summary
-
بررسي عملكرد رشد و توليد مثل بره هاي آميخته حاصل از آميزش قوچ رومانوف با ميش هاي لري ، لري بختياري و افشاري
بيژن بهمني 2020به دليل بهره گيري از خواص هتروزيس، در بيشتر صفات توليدي، به ويژه صفات با توارث پذيري پايين، پيشرفت در اثر آميخته گري قابل ملاحظه مي باشد. اين پژوهش به منظور بررسي اثر آميخته گري قوچ رومانوف باميش هاي لري، لري بختياري و افشاري بر صفات رشد و عملكرد توليدمثلي بره هاي دورگ حاصل انجام شد. براي اين منظور از اطلاعات 895 رأس ميش تلقيح شده با رومانف، متعلق به دامپروري شركت كشت و صنعت و گردشگري فجر صفاي لرستان واقع در شهرستان خرم آباد استفاده گرديد. ركوردها با استفاده از نرم افزار SAS تجزيه و تحليل شدند. در تركيب هاي مختلف نژادي، ميانگين وزن تولد بره هاي نر از بره هاي ماده و تك قلوها از دوقلوها به طور معني داري سنگين تر بودند (05/0p<). در بين تركيب هاي نژادي مختلف از نظر وزن تولد، بره هاي بختياري-رومانف، افشاري-رومانف و لري-رومانف در رتبه اول تا سوم قرار گرفتند، به طوري كه تفاوت وزن تولد بره هاي بختياري-رومانف و افشاري-رومانف نسبت به لري-رومانف معني دار بود. در تركيب هاي مختلف نژادي، متوسط افزايش وزن روزانه از تولد تا شيرگيري بره هاي نر از بره هاي ماده و براي بره هاي يك قلو به طور معني داري از دوقلو بيشتر بود. در بين تركيب هاي نژادي مختلف نيز تركيب نژادي بختياري-رومانف و افشاري-رومانف از لري-رومانف به طور معني داري افزايش وزن روزانه بيشتري داشتند (05/0p<). در تركيب هاي مختلف نژادي، بره هاي نر در مقايسه با بره هاي ماده و بره هاي تك قلو در مقايسه بـا بـره هـاي دوقلـو وزن شيرگيري بيشـتري داشتند. همچنين وزن شيرگيري بره هاي آميخته بختياري-رومانف و افشاري-رومانف تفاوت معني داري نداشت در حاليكه هر دو تركيب به طور معني داري از لري-رومانف سنگين تر بودند (05/0p<). در همه تركيب هاي نژادي، متوسط افزايش وزن روزانه از شيرگيري تا پنج ماهگي بره هاي نر به طور معني داري از بره هاي ماده و براي بره هاي يك قلو به طور معني داري از دوقلو بيشتر بود. همچنين در بين تركيب هاي نژادي مختلف نيز تفاوت معني داري از نظر اين صفت وجود نداشت. به طور مشابه با ساير صفات رشد، وزن پنج ماهگي بره هاي نر از ماده و همچنين بره هاي يك قلو به-طور معني داري از تيپ دوقلو بيشتر بود و در بين تركيب هاي نژادي مختلف وزن پنج ماهگي بره هاي بختياري-رومانف و افشاري-رومانف از لري-رومانف به طور معني داري بيشتر بود. همين نتايج براي صفت
-
چندشكلي ژن FSHB و ارتباط آن با صفت چندقلوزايي در گوسفند مهربان
زهرا مختاري 2020ژن هورمون محرك فوليكولي بتا (FSHB) نقش مهمي در تحريك رشد آندومتريوم، توسعه فوليكولي و بلوغ، توليد استراديول و تخمك گذاري دارد. در مطالعه حاضر، چندشكلي هاي اگزون دو و سه ژنFSHB و ارتباط آن ها با چندقلوزايي (تعداد بره در هر زايش) با استفاده از روش چندشكلي آرايش فضايي تك رشته اي (SSCP) و توالي يابي DNA در 118 رأس ميش نژاد مهربان مورد ارزيابي قرار گرفت. در واكنش زنجيره اي پلي مراز (PCR) يك قطعه 300 جفت بازي از اگزون دو و يك قطعه 431 جفت بازي از اگزون سه ژن FSHB تكثير شدند. چهار هاپلوژنوتيپ و پنج جهش تك نوكلئوتيدي شامل g.109 C>G،g.169 C>T ، g.200 C>T، g.236 C>T و g.299 C>A (منجر به تغيير اسيدآمينه آرژنين به تريپتوفان (p.60W>R) و يك جهش 64 نوكلئوتيدي اضافه (Insertion) و يك جهش 8 نوكلئوتيدي حذف(Deletion) در اگزون دو ژن مورد مطالعه شناسايي شدند. همچنين دو SNPs (g.80 C>T و g.259 C>T) با سه ژنوتيپ در اگزون سه ژن FSHB در اين نژاد شناسايي شدند. كه نتايج حاصل از ترجمه توالي جهش جايگاه 259 نشان دهنده يك تغيير اسيد آمينه اي سرين به سيستئين در كدون شماره 27 (p.27C>S) بود. بررسي ارتباط بين ژنوتيپ ها و صفت چندقلوزايي (تعداد بره در هر زايش) در اگزون دو هيچ تفاوت معني داري نشان نداد، اما ارتباطات معني داري براي ژنوتيپ هاي اگزون سه مشاهده شدند.
-
بررسي كارايي فني واحدهاي پرورش مرغ گوشتي در استان همدان
غلامعلي محمدي 2020اندازه گيري كارايي فني از اهداف كلي اين تحقيق محسوب مي گردد. براي اين منظور با استفاده از روش نمونه گيري طبقه بندي متناسب با حجم 222 واحد پرورش مرغ گوشتي با كمك فرمول كوكران در سطح استان همدان انتخاب گرديد. از طريق تكميل پرسشنامه،آمار و اطلاعات لازم براي يك دوره پرورش فصول پاييز يا زمستان جمع آوري شد وجهت نيل به اهداف تحقيق با استفاده از روش تحليل فراگير داده ها به كمك نرم افزار DEA كارايي فني واحدهاي پرورش مرغ گوشتي برآورد شد. سپس با استفاده از نرم افزار spss نسخه 17 ارتباط كارايي فني واحدهاي پرورش مرغ گوشتي و پارامترهاي ويژگي فردي مدير (سن و تجربه ، جنسيت ، ميزان تحصيلات ، رشته تحصيلي ، گذراندن دوره آموزشي، نام دوره آموزشي)، وضعيت مالكيت مرغداري، وضعيت و نوع فعاليت مدير، نوع سيستم پرورش، ظرفيت واقعي، مساحت سالن ها و تراكم جوجه ريزي ، نوع سيستم گرمايشي، كيفيت جوجه يك روزه خريداري شده، محل تامين جوجه يك روزه، سويه جوجه يك روزه خريداري شده، چگونگي تهيه خوراك، محل تامين اقلام خوراك، نحوه تهيه فرمول خوراك، ميانگين ضريب تبديل، درصد تلفات، ميانگين طول دوره پرورش و وزن زنده هنگام فروش بررسي شده است. نتايج نشان دادند كه ميانگين كارايي فني واحد هاي پرورش مرغ گوشتي برابر 2/54 درصد بود. به طور متوسط واحدهاي پرورش مرغ گوشتي با 8/45 درصد عدم كارايي فني مواجه هستند. نتايج نشان داده شد واحدهايي كه خوراك مورد نياز خود را در داخل مرغداري تهيه كردند، داراي سيستم بسته بودند، سيستم گرمايشي فن جت استفاده كردند، به صورت شركت رسمي اداره شدند، طول دوره پرورش زير 51 روز داشتند ، ضريب تبديل زير 9/1 به 1 داشتند، داراي درصد تلفات زير 4 درصد بودند، جوجه ريزي با تراكم 9 تا 12 قطعه در مترمربع استفاده كردند، جوجه يك روزه خود را از دفاتر تهيه جوجه يك روزه خريداري و همينطور از سويه كاب جهت پرورش استفاده كردند نسبت به واحدهاي ديگر از كارايي فني بالاتري برخوردار بودند. همچنين تفاوت معني داري ازنظر ميزان كارايي فني در مديران مرغداري از سطح تحصيلات، رشته تحصيلي و دوره هاي آموزشي آنها مشاهده نگرديد. نتايج نشان داد كه 91 درصد (202 واحد) واحدهاي پرورش مرغ گوشتي داراي بازده فزاينده نسبت به مقياس هستند.
-
تاثير سطوح مختلف انرژي قابل سوخت و سازبر مكمل سلنيوم مخمري در جيره بر عملكرد و خصوصيات تخم مرغ در مرغان تخمگذار
ارمان بهرامي 2019كمبود غذا به ويژه كمبود پروتئين حيواني، يكي از مهمترين مسائل و مشكلات غذايي در جهان امروز مي باشد (راتكليف ، 2006). طيور نه تنها به عنوان يكي از منابع اصلي گوشت جهان و يك منبع كليدي پروتئين حيواني براي تغذيه جمعيت انساني در حال رشد مي باشند بلكه يك مدل ارزشمند براي مطالعه عوامل ايمونولوژي نيز به شمار مي روند.
-
بررسي چند شكلي ژن KISS1 و ارتباط آن با صفات توليدي و توليد مثلي در بزهاي مرخز
نسيم لشگري گلريز 2019نوروپپتيد KISS1 از جمله هورمون هاي پروتئيني است كه در كنترل فعاليت هاي مرتبط با بلوغ و فحلي در حيوانات مزرعه اي مشاركت دارد. پژوهش حاضر با هدف بررسي چندشكلي هاي احتمالي ژن KISS1 و ارتباط آنها با صفات توليدي و توليدمثلي در بزهاي نژاد مرخز (بز بومي ايران) انجام شد. در تحقيق حاضر، از تعداد 146 نمونه خون جمع آوري شده بز نژاد مرخز موجود در ايستگاه دامپروري سنندج واقع در شهرستان سنندج استفاده شد. ركوردهاي مختلف توليدي و توليدمثلي اين جمعيت شامل وزن تولد (BW0)، وزن از شيرگيري (BW90)، وزن 180 روزگي (BW180)، وزن 270 روزگي (BW270)، وزن يك سالگي (BW365)، افزايش وزن روزانه پيش از شيرگيري (ADG0-90)، افزايش وزن روزانه پس از شيرگيري تا يك سالگي (ADG90-365)، نسبت كليبر پيش از شيرگيري (KR0-90)، نسبت كليبر پس از شيرگيري (KR90-365) و ركورد توليدمثلي ميانگين تعداد بزغاله به ازاي هر زايش (ALS) بودند. استخراج DNA از خون با استفاده از كيت شركت سيناژن در آزمايشگاه ژنتيك مولكولي گروه علوم دامي دانشگاه بوعلي سينا انجام شد. واكنش زنجيره اي پلي مراز (PCR) براي تكثير دو قطعه 429 جفت بازي اگزون 1 و قطعه 453جفت بازي اينترون 2 از اين ژن مورد بررسي قرار گرفت. چندشكلي هاي ژنتيكي قطعه هاي مورد نظر با روش چند شكلي فضايي تك رشته اي منفرد (SSCP) بررسي شدند. در مجموع تعداد شش الگوي باندي متفاوت يافت شد كه الگوهاي 1، 2 و 3 متعلق به قطعه 429 جفت بازي بودند و الگوهاي 4، 5 و 6 نيز متعلق به قطعه 453 جفت بازي بودند. از هر الگوي متفاوت يافت شده تعداد سه نمونه بطور تصادفي براي توالي يابي به روش سانگر انتخاب و توالي يابي شدند. جهت شناسايي چندشكلي هاي ژني تمامي توالي ها بر روي ژنوم رفرنس بُز (شماره ثبت ژن بانكKR065750.1) همتراز شدند. نتايج همترازي حاكي از شناسايي تعداد 9 جهش چندشكلي تك نوكلئوتيدي (SNP) در قطعه 429 جفت بازي از ژن KISS1 بود. اين جهش ها برحسب جايگاه ژني بصورت چندشكلي هاي g.202C>A، g.246G>A، g.270G>A، g.273G>A، g.310G>A، g.368G>A، g.370G>A، g.379G>A و g.406C>A بودند. براساس توالي اين جهش ها دو احتمال هاپلوتايپي در الگوهاي 2 و3 شناسايي شدند. در قطعه 453 جفت بازي به دليل كيفيت پايين خوانش ها امكان شناسايي نوكلوتيدي چندشكلي ها نبود. براساس فراواني الگوهاي مشاهده شده در دو قطعه 429 و 453 جفت بازي از ژن KI
-
اثرمكمل سلنيوم و كروم بر قابليت نگهداري مني (دو حالت سرد و منجمد) و باروري در قوچ هاي مهربان
پوريا صارمي شهاب 2019اين آزمايش به منظور بررسي اثر مكمل سلنيوم و كروم بر قابليت نگهداري بصورت سرد و منجمد مني در قوچ هاي نژاد مهربان و بارور كردن ميش ها توسط قوچ هاي تحت تيمار كروم انجام شد. اين آزمايش بصورت فاكتوريل 2×2 و در قالب طرح كاملا تصادفي با 4 تيمار و 3 تكرارصورت گرفت. تعداد 20 رأس قوچ بالغ حدوداً 2- 4 ساله با ميانگين وزني 70 كيلوگرم كه از سلامت عمومي كامل برخوردار بودند به طور تصادفي در 4 گروه آزمايشي تقسيم شدند و به مدت 60 روز از تيمارهاي آزمايشي تغذيه كردند. تيمار ها شامل: 1- تيمار شاهد (فقط جيره پايه) 2- تيمار سلنيوم (جيره پايه بعلاوه 6/0 ميلي گرم سلنيوم به ازاء هر رأس قوچ در روز) 3- تيمار كروم (جيره پايه بعلاوه 1 ميلي گرم كروم به ازاء هر رأس قوچ در روز) 4- تيمار كروم به همراه سلنيوم (جيره پايه بعلاوه 6/0 ميلي گرم سلنيوم و 1 ميلي گرم كروم به ازاء هر رأس قوچ در روز) بود. خوراك دهي هر روز در دو وعده صبح و بعد از ظهر انجام مي شد. جهت تعيين خصوصيات كيفي و كمي مني قوچ ها، عمليات اسپرم گيري در هفته هاي 1، 2، 3، 4، 5 و 6 آزمايش انجام شد. سپس پس از اسپرم گيري مقداري از مني بعد از رقيق سازي و اضافه كردن مواد افزودني در دماي ازت مايع قرار داده شدند(پس از يك ماه يخگشايي شدند و كيفيت، زنده ماني و يكپارچگي غشاي اسپرم ها اندازه گيري شد.) و مقداري از آن نيز به مدت 72 ساعت در دماي سرد يخچال نگهداري شدند و كيفيت، زنده ماني و يكپارچگي غشاي اسپرم ها در زمان هاي 0، 24، 48 و 72 اندازه گيري شد. نتايج به دست آمده از نگهداري در دماي سرد يخچال نشان مي دهد مكمل سازي جيره قوچ ها با كروم باعث افزايش معني دار زنده ماني اسپرم ها در كل دوره آزمايش گرديد(05/0P<). همانطور كه نتايج حاصل از اين آزمايش نشان داد زنده ماني اسپرم در تيمار سلنيوم نسبت به تيمار شاهد بيشتر بود. همچنين مقايسه تركيب تيماري در زمان 48 ساعت پس از نگهداري سرد اسپرم معني دار بود (05/0>P) و زنده ماني اسپرم در تيمار سلنيوم و سلنيوم به همراه كروم نسبت به تيمار شاهد بيشتر بود. همچنين نتايج حاصل از اين آزمايش نشان داد مكمل سازي جيره با كروم و سلنيوم تاثيري بر تحرك كل اسپرم، حركت پيشرونده، ميزان جنبايي نوع A و همچنين فراسنجه هاي LIN، VSL، VCL، ALH، VAP، WOB، STR و BCF نداشت(05/0
-
تعيين نيازمندي ترئونين و اثر آن بر عملكرد، سيستم ايمني و مورفولوژي روده باريك جوجه هاي گوشتي
مهدي آقا بصيري سرابي 2019اين مطالعه به منظور تعيين نيازمندي سطوح مختلف ترئونين جيره بر عملكرد، خصوصيات لاشه، سيستم ايمني، پاسخ هاي ايمني هومورال و ريخت شناسي سلول هاي پوششي ژژنوم و ايلئوم در جوجه هاي گوشتي انجام گرفت. براي اين منظور، از تعداد 272 قطعه جوجه گوشتي يك روزه سويه راس 308 استفاده گرديد. جوجه ها به صورت تصادفي به 4 تيمار و 4 تكرار (17 جوجه در هر تكرار ) در قالب يك طرح كاملا تصادفي اختصاص داده شد. تيمار هاي آزمايشي شامل: 4 سطح ترئونين در دوره آغازين (96/0، 91/0، 86/0، 81/0)، دوره رشد (87/0، 82/0، 77/0، 72/0) و دوره پاياني (78/0، 73/0، 68/0، 63/0) بودند. جيره هاي آزمايشي در طي سه دوره مختلف آغازين (10-1 روزگي)، رشد (24-11 روزگي) و پاياني (25-42 روزگي) در اختيار پرندگان قرار گرفت. ميانگين افزايش وزن روزانه، مصرف خوراك روزانه و ضريب تبديل به صورت هفتگي اندازه گيري شد. در روز 35 دوره پرورش، به يك پرنده از هر تكرار ميزان 5/0 ميلي ليتر سوسپانسون 7 درصد گلبول قرمز گوسفندي براي پاسخ هاي ايمني اوليه به عضله ران تزريق گرديد. در سنين 21 و 42 روزگي، دو پرنده از هر تكرار (با وزن نزديك به ميانگين) براي بررسي تاثير تيمار هاي آزمايشي بر خصوصيات لاشه و بافت شناسي روده كشتار و نمونه هاي از ناحيه ي ژژنوم و ايلئوم جهت بررسي ارتفاع ويلي، عمق كريپت، نسبت ارتفاع به عمق ويلي و تعداد سلول هاي گابلت جمع آوري گرديد. همچنين قبل از كشتار براي شمارش CBC از پرندگان خون گيري انجام و در لوله هاي حاوي ماده ضد انعقاد خون (EDTA) ريخته شد. همچنين در پايان آزمايش لاشه، سينه، ران، پشت، سنگدان، پيش معده، پانكراس، كبد، قلب، چربي محوطه ي بطني و اندام هاي لنفاوي شامل طحال، تيموس و بورس فابريسيوس وزن شد و بر اساس درصدي از وزن زنده بيان گرديد. اطلاعات حاصل از اين آزمايش با استفاده از رويه GLM توسط نرم افزار (2016)SAS آناليز شد. نتايج نشان دادر كه افزايش سطح ترئونين باعث افزايش وزن پيش معده در سن 21 روزگي شد (05/0>P). همچنين باعث افزايش وزن زنده و وزن كبد در سن 42 روزگي شد(05/0>P). نتايج تحقيق اخير عدم تاثير مكمل سازي ترئونين بر وزن و طول نسبي قسمت هاي مختلف دستگاه گوارش، در طول دوره پرورش در جوجه هاي گوشتي را نشان مي دهد (05/0
-
مقايسه عملكرد دو روش k-نزديكترين همسايه و جنگل تصادفي در بازيابي ژنوتيپ هاي از دست رفته
فاطمه ونايي 2019در اين مطالعه عملكرد دو روش جنگل تصادفي (Random Forest, RF) و k-نزديكترين همسايه (KNN) در بازيابي ژنوتيپ هاي از دست رفته در سناريوهاي مختلف از درصد حذف ژنوتيپ ها، تعداد افراد حاضر در جمعيت و تعداد نشانگر تك نوكلئوتيدي دو آللي (SNP) مورد مقايسه قرار گرفت. به اين منظور، ژنومي متشكل از 1 كروموزوم به طول يك مورگان كه بر روي آن در سناريوهاي مختلف به ترتيب 250، 500، 700 و 1000 SNP با فراواني اوليه يكسان 5/0 توزيع شده بود براي به ترتيب 250، 500، 700 و 1000 فرد شبيه سازي شد. در ادامه جهت ايجاد فايل اطلاعات حاوي ژنوتيپ هاي از دست رفته، اطلاعات ژنوتيپي به ترتيب 5%، 10%، 25%، 50%، 75% و 90% از SNPهاي فراد به طور تصادفي از ماتريس ژنوتيپي افراد حذف شده و مجدداً توسط روش هاي RF و KNN بازيابي شدند. درصد ژنوتيپ هاي به درستي بازيابي شده (نسبت تعداد ژنوتيپ هاي به درستي بازيابي شده به كل ژنوتيپ-هاي از دست رفته) به عنوان شاخصي از صحت بازيابي ژنوتيپ در سناريوهاي مختلف مورد استفاده قرار گرفت. صحت بازيابي ژنوتيپ هاي از دست رفته با استفاده از روش SVD قابل توجه بود به طوري كه با افزايش درصد ژنوتيپ هاي از دست رفته تا 25%، RF و KNN با صحتي در حدود 80% ژنوتيپ هاي از دست رفته را بازيابي نمود. در سناريوهاي50%، 75% و 90% ژنوتيپ از دست رفته صحت بازيابي ژنوتيپ كاهش يافت. در يك درصد ثابت از ژنوتيپ هاي از دست رفته، با افزايش تعداد نشانگر صحت بازيابي ژنوتيپ در هر دو روش RF و KNN افزايش يافت. همچنين، در شرايط برابر از تعداد نشانگر و درصد ژنوتيپ از دست رفته، با افزايش تعداد افراد حاضر در جمعيت از 250 فرد به 1000 فرد، توانايي بازيابي ژنوتيپ توسط هر دو روش RF و KNN افزايش يافت. به طور كلي روش روش RF از عملكرد بهتري نسبت به روش KNN برخوردار بود به نحوي كه صحت بازيابي ژنوتيپ توسط روش RF در سناريوهاي مختلف به طور ميانگين 10% بالاتر از روش KNN بود.
Thesis summary
-
اثر مكمل سلنيوم و كروم بر خصوصيات مني، متابوليسم گلوكز و برخي فراسنجه هاي خوني در قوچ هاي نژاد مهربان
اميرحسين مهران فروز 2019هدف از اين آزمايش بررسي اثر مكمل سلنيوم و كروم بر خصوصيات مني، متابوليسم گلوكز و برخي فراسنجه هاي خوني در قوچ هاي نژاد مهربان بود. تعداد 20 رأس قوچ بالغ 2- 4 ساله با ميانگين وزني44/10±75/69 كيلوگرم كه از سلامت عمومي كامل برخوردار بودند به طور تصادفي به 4 گروه تقسيم و به مدت 60 روز با تيمارهاي آزمايشي تغذيه شدند. آزمايش بصورت طرح فاكتوريل 2×2 و در قالب طرح كاملا تصادفي با 4 تيمار و 5 تكرار بود.تيمار ها شامل: 1- تيمار شاهد (فقط جيره پايه) 2- تيمار سلنيوم (جيره پايه بعلاوه 6/0 ميلي گرم سلنيوم به ازاء هر رأس قوچ در روز) 3-تيمار كروم ( جيره پايه بعلاوه 1 ميلي گرم كروم به ازاء هر رأس قوچ در روز) 4- تيمار كروم به همراه سلنيوم (جيره پايه بعلاوه 6/0 ميلي گرم سلنيوم و 1 ميلي گرم كروم به ازاء هر رأس قوچ در روز) بود. خوراك دهي هر روز در دو وعده صبح و بعد از ظهر انجام مي شد. خصوصيات كيفي (حجم انزال و غلظت اسپرم) و كمي (تعداد اسپرم، مورفولوژي اسپرم، سلامت غشاء اسپرم و زنده ماني اسپرم) مني قوچ ها در 6 هفته پاياني آزمايش ارزيابي شد. در روز هاي 30 و 60 آزمايش قبل از نوبت خوراكدهي صبح از طريق سياهرگ وداج خونگيري صورت گرفت. برخي فراسنجه هاي خوني مانند غلظت عناصر معدني (كلسيم، فسفر، آهن، روي و مس)، برخي فراسنجه هاي متابوليكي و هماتولوژي ، ظرفيت آنتي اكسيداني كل و غلظت مالون دي آلدهيد پلاسماي خون اندازه گيري شد. در پايان آزمايش، از هر تيمار 4 رأس قوچ براي آزمون تحمل گلوكز انتخاب و به ازاء هر كيلوگرم وزن زنده 5/0 ميلي ليتر دكستروز 50% به داخل وريد وداج تزريق و در زمان هاي 5، 10، 15، 20، 25، 30، 45، 60، 90، 150، 180 دقيقه بعد خونگيري شد. سپس نرخ زدودگي گلوكز از پلاسما، زمان رسيدن به نصف و سطح زير منحني محاسبه شد. نتايج حاصل نشان داد مكمل كروم و سلنيوم بر خصوصيات بيضه ها، غلظت اسپرم، تعداد اسپرم و خصوصيات حركتي اسپرم در كل دوره آزمايش تاثيري نداشت. حجم انزال، زنده ماني اسپرم، سلامت غشاء اسپرم و ميل جنسي قوچ ها در تيمار دريافت كننده كروم به طور معني داري نسبت به تيمار شاهد افزايش يافت (05/0>P). همچنين ميزان ناهنجاري كل در تيمار كروم نسبت به تيمار شاهد به طور معني داري كاهش يافت (05/0>P). مكمل سلنيوم باعث افزايش سلامت غشاء اسپرم و كاهش ناهنجاري كل اسپرم ها نسبت به تيمار شاهد شد (05/0>P). غلظ
Thesis summary
-
بررسي عملكرد و خصوصيات دستگاه گوارش جوجه گوشتي راس و كاب در پاسخ به جيره پلت حاوي فيبر نامحلول
امين صمدي 2019 -
بررسي چندشكلي ژن HSP70A1A در گوسفندان مهربان و رومانف و بزهاي نژاد مرخز و بومي
محيا محمدي زاده 2018تنش حرارتي از جمله تنش هاي محيطي تاثيرگذار بر عملكرد توليدي دام و طيور مي باشد. تاثير مقاومت سلولي به استرس به وسيله خانواده اي از پروتئين ها كه به اصطلاح پروتئين هاي شوك گرمايي (HSP) ناميده مي شود، ايجاد مي شود. ژن هاي پروتئين شوك گرمايي، مقاومت دام را به شرايط محيطي تحت تاثير قرار مي دهد. در اين مطالعه جهت بررسي احتمال وجود تنوع ژن HSP70A1A، خونگيري از 100 راس گوسفند نژاد مهربان، 41 راس گوسفند نژاد رومانف، 146 راس بز نژاد مرخز و 20 راس بز نژاد بومي همدان از سياهرگ وداجي با ونوجكت هاي حاوي EDTA گرفته شد. براي استخراج DNA از كيت DNPTM Kit(شركت سيناژن) استفاده شد. واكنش هاي زنجيره اي پليمراز (PCR)جهت تكثير قطعه 247 جفت بازي قسمتي از جايگاه ابتدايي اگزون ژن HSP70A1A و قطعه 298 جفت بازي در قسمت مياني اگزون ژن HSP70A1A انجام گرفت. جهت تعيين تنوع در ژن مذكور گوسفندان و بزها، در قطعات DNA تكثير شده نمونه ها از روش PCR-SSCP استفاده شد. پس از بررسي نتايج حاصل در گوسفندان رومانف و مهربان، دو الگوي باندي متفاوت در قطعه ابتدايي ژن HSP70A1A و سه الگوي متفاوت در قطعه مياني ژن HSP70A1A مشاهده شد كه فراواني اين الگوها در نژادهاي مهربان و رومانف متفاوت بود، همچنين بررسي نتايج حاصل از SSCP در بزهاي نژاد مرخز و بومي همدان، نشان دهنده وجود سه الگوي مختلف در قطعه ابتدايي ژن مذكور در نمونه ها بود. براي حصول اطمينان از الگو-هاي مختلف مشخص شده توسط PCR-SSCP و تعيين دقيق وجود چند شكلي مشاهده شده 3 نمونه از هر الگو بصورت تصادفي جهت توالي يابي ارسال شد. در قطعه 247 جفت بازي دو جهش هاپلوژنوتيپ و در قطعه 298 جفت بازي سه جهش هاپلوژنوتيپ مشاهده گرديد. همچنين ارتباط معني داري بين ژنوتيپ هاي يافت شده در هر دو قطعه تكثير شده اگزون ژن HSP70A1A با صفات توليد مثلي گوسفندان وجود نداشت. در بررسي نتايج نمونه هاي توالي يابي شده در بزها تفاوت ميان الگوهاي حاصل تاييد نشد. بر اساس نتايج مشاهده شده در اين تحقيق در رابطه با تنوع ژن HSP70A1A در حيوانات ، به نظر مي رسد لازم است تحقيقات بيشتري در رابطه با ژن مذكور و ارتباط آن با صفات مختلف گوسفندان و بزها انجام شود.
-
اثر افزودن كروم و سلنيوم آلي به جيره بر عملكرد، فعاليت آنتي اكسيداني و برخي فراسنجه هاي خوني در مرغ هاي تخم-گذار سويه هايلاين
محمدمهدي محمدي 2018اين آزمايش به منظور بررسي اثر سلنيوم و كروم آلي بر عملكرد، فعاليت آنتي اكسيداني و فراسنجه هاي خوني درمرغ هاي تخم گذار انجام شد. مجموعا 96 قطعه مرغ تخم گذار سويه36W در سن89 هفتگي انتخاب و به 4 تيمار، 4 تكرار و 6 قطعه مرغ در هر تكرار تقسيم شد. تيماهاي آزمايشي شامل: 1-شاهد: فقط جيره پايه (بر پايه ذرت و سويا)، 2-سلنيوم: جيره پايه بعلاوه 3/0پي پي ام سلنيوم به شكل مخمر سلنيوم، 3-كروم: جيره پايه بعلاوه 200 پي پي بي كروم به شكل كروم-متيونين، 4-سلنيوم-كروم: جيره پايه بعلاوه مقادير ذكر شده در تيمار 2 و 3 بود. آزمايش در قالب طرح كاملا تصادفي و بصورت آزمايش فاكتوريل 2×2 بود. صفات عملكردي (درصد توليد تخم مرغ، وزن تخم مرغ، گرم تخم مرغ توليدي، مصرف خوراك و ضريب تبديل)، صفات كيفي تخم مرغ ( واحدهاو، شاخص تخم مرغ، شاخص زرده تخم مرغ، شاخص رنگ زرده تخم مرغ و ضخامت پوسته تخم مرغ) و فراسنجه هاي خوني (گلوكز، تري گليسريد، كلسترول، آلبومين، پروتئين كل، كلسيم، فسفر، تعداد گلبولهاي قرمز، هماتوكريت، هموگلوبين، حجم متوسط گلبول قرمز، مقدار متوسط هموگلوبين در گلبول قرمز، غلظت هموگلوبين در گلبول قرمز، شمارش افتراقي انواع گلبول هاي سفيد، مالون دي آلدئيد و ظرفيت آنتي اكسيداني كل) اندازه گيري شد. همچنين تست تحمل گلوكز در هفته پاياني آزمايش از طريق خوراندن گلوكز صورت گرفت سپس كينتيك گلوكز محاسبه شد. تيمار سلنيوم تاثيري بر صفات عملكردي نداشت (05/0P>)، اما ظرفيت آنتي اكسيداني كل را بهبود بخشيد و غلظت مالون دي آلدئيد پلاسما را كاهش داد (05/0P<). تيمار كروم موجب بهبود توده تخم مرغ، درصد توليد و ضريب تبديل غذايي گرديد (05/0P<). همچنين اين تيمار ظرفيت آنتي اكسيداني كل را بهبود بخشيد و مقدار مالون دي آلدئيد را كاهش داد (05/0P<). غلظت پلاسمايي گلوكز 120 دقيقه پي از خوراندن گلوكز در تيمار كروم نسبت به ساير تيمارها كمتر بود (05/0P<). صفات كيفي تخم مرغ و فراسنجه هاي خوني تحت تاثير تيمارها قرار نگرفتند (05/0P>). بطور كلي نتايج اين پژوهش نشان داد افزودن 200 پي پي بي كروم به شكل كروم-متيونين به جيره مرغ هاي تخمگذار سويه هايلاين باعث بهبود توده تخم مرغ، درصد توليد، ضريب تبديل غذايي و متابوليسم گلوكز مي گردد. همچنين افزودن كروم و سلنيوم يا تركيب هردو باعث بهبود توان آنتي اكسيداني كل و كاهش پراكسيداسيون ليپيدهاي پلاسم
Thesis summary
-
اثر تزريق ويتامين E و سلنيوم قبل از جفت گيري بر بازده توليد مثلي، فعاليت آنتي اكسيداني و برخي فراسنجه هاي خوني در ميش هاي همزمان شده مهربان
زينب رستمي 2018هدف تعيين اثر تزريق ويتامين E و سلنيوم قبل از جفت گيري بر بازده توليد مثلي، فعاليت آنتي اكسيداني و برخي فراسنجه هاي خوني در ميش هاي همزمان شده مهربان بود. جهت انجام اين آزمايش چهل رأس ميش مهربان (2-3 ساله) به دو گروه (20n=) تقسيم و از پسچر مزارع غلات بعنوان جيره پايه تغذيه نمودند. چرخه توليدمثلي با استفاده از سيدر پروژسترون و هورمون eCG همزمان و 48 ساعت پس از برداشت سيدر، ميش ها در معرض قوچ هاي بارور قرار گرفتند. تيمارهاي آزمايشي شامل تيمار 1: فقط پسچر مزارع غلات استفاده نمود، تيمار 2: پسچر مزارع غلات بعلاوه دريافت سه بار تزريق سلنيوم و ويتامين E هر يك به فاصله 2 هفته (بار اول 2 هفته قبل از سيدرگذاري، بار دوم هنگام سيدرگذاري، بار سوم هنگام خارج سازي سيدر) بود. در هر بار 5 ميلي ليتر مكمل سلنيوم و ويتامينE به صورت داخل عضلاني تزريق شد كه هر ميلي ليتر حاوي 5/0 ميلي گرم سلنيوم به صورت نمك سلنيت سديم و50 واحد بين المللي ويتامين E به صورت دي ال آلفاتوكوفريل بود. نمونه خون ميش ها در زمان هاي روز صفر، سيدرگذاري، خارج سازي سيدر، 5، 10 و 15روز پس از قوچ اندازي از طريق وريد وداج جمع آوري و پس از جداسازي سرم و پلاسما، در دماي 0C 70- نگهداري شد. فراسنجه هاي متابوليكي خون (غلظت سرمي گلوكز، پروتئين تام، آلبومين، گلوبولين، تري گليسيريد، كلسترول، آلكالين فسفاتاز، آسپارتات آمينوترانسفراز، آلانين آمينوترانسفراز) اندازه گيري شد. غلظت سرمي پروژسترون به روش الايزا، ظرفيت آنتي اكسيداني كل به روش FARPو مالون دي آلدهيد به روش واكنش تيوباربيتوريك اسيد اندازه گيري شد. شاخص هاي باروري، دوقلوزايي، تزايد گله، وزن تولد بره ها و درصد زنده ماني بره ها ثبت و محاسبه گرديد. آزمايش در قالب طرح كاملا تصادفي بود. داده هاي گلوكز، پروتئين تام، آلبومين، گلوبولين، تري گليسيريد، كلسترول، آلكالين فسفاتاز، آسپارتات آمينوترانسفراز، آلانين آمينوترانسفراز، پروژسترون، ظرفيت آنتي اكسيداني كل و مالون دي آلدهيد به روش آناليز واريانس و با استفاده از نرم افزار آمار SAS و رويه MIXED و داده هاي مربوط به درصد باروري، دوقلوزايي، زنده ماني و تزايد گله از طريق آزمون كاي مربع و رويه GENMOD آناليز و مقايسه ميانگين ها در سطح معني داري 5% انجام شد. غلظت هاي گلوكز، آلبومين، آلكالين فسفاتاز، آلانين آمينوترانسفراز، فسفر در همه ي زما
Thesis summary
-
بررسي اثر منابع مختلف فيبر در جيره بر عملكرد و قابليت هضم مواد مغذي در ايلئوم و سكوم جوجه هاي گوشتي
ياسمن موسوي 2018اين آزمايش براي بررسي اثرات استفاده از منابع مختلف فيبر نامحلول بر صفات عملكردي، ويژگي هاي دستگاه گوارش، قابليت هضم مواد مغذي، ريخت شناسي روده، جمعيت ميكروبي انتهاي دستگاه گوارش، pH و ويسكوزيته محتويات روده به همراه رطوبت بستر و همچنين مقايسه برخي صفات در ايلئوم و سكوم در جوجه هاي گوشتي از سن 1 تا 42 روزگي اجرا شد. تعداد 380 قطعه جوجه گوشتي يكروزه (سويه راس 308) در قالب يك طرح كاملا تصادفي با 5 تيمار، 4 تكرار و 19 قطعه در هر تكرار اختصاص داده شدند. تيمار هاي آزمايشي شامل: تيمار شاهد (ذرت- كنجاله سويا) و رقيق كردن جيره پايه با 3 درصد پوسته ي آفتابگردان، پوسته ي سويا و كاه گندم فرآوري شده و 1 درصد آربوسل بود. نتايج آزمايش نشان داد كه 3 درصد پوسته ي آفتابگردان، پوسته سويا و كاه فرآوري شده در جيره دوره ي آغازين (1 تا 10 روزگي) به بيشترين مقدار خوراك مصرفي نسبت به تيمار شاهد منتهي شد (05/0P<). ميانگين خوراك مصرفي در دوره هاي رشد (11 تا 24 روزگي)، پاياني (25 تا 42 روزگي) و كل دوره (1 تا 42 روزگي) و همچنين ضريب تبديل غذايي در هيچ يك از دوره هاي آزمايشي تحت تاثير تيمار هاي آزمايشي قرار نگرفت. بيشترين افزايش وزن بدن در دوره آغازين و دوره رشد مربوط به تيمار حاوي پوسته آفتابگردان بود (05/0P<). درصد وزن لاشه، ران و سينه در سن 28 روزگي و 42 روزگي تحت تاثير تيمار هاي آزمايشي قرار نگرفت. در سن 28 و 42 روزگي، وزن اندام هاي گوارشي و طول بخش هاي مختلف روده تحت تاثير تيمار هاي آزمايشي قرار نگرفت. در سن 42 روزگي وزن دئودنوم در تيمارهاي شاهد، 1 درصد آربوسل و 3 درصد پوسته ي آفتابگردان در جيره نسبت به ديگر تيمارها افزايش معني دار نشان داد (05/0P<). همچنين تيمار شاهد و پوسته ي آفتابگردان در جيره سبب افزايش معني دار وزن ژژنوم شد (05/0P<). تفاوت آماري معني داري در ميزان pH چينه دان، سنگدان و بخش هاي مختلف روده كوچك وجود نداشت. اما تيمار حاوي 3 درصد كاه فرآوري شده و پوسته سويا سبب كاهش معني دار pH پيش معده نسبت به ساير تيمار ها شدند (05/0P<). در سن 42 روزگي، ميزان ويسكوزيته ي ايلئوم و سكوم جوجه هاي گوشتي تغذيه شده با 1 درصد آربوسل افزايش معني داري در مقايسه با تيمار هاي ديگر داشت (05/0P<). به طور كلي استفاده از 1 درصد آربوسل در جيره به كاهش جمعيت اي كولاي درسكوم منتهي شد (05/0P<). از سويي جمع
Thesis summary
-
تعيين تنوع ژنتيكي ژن پروتئين پرايون در گوسفندان نژاد مهربان و رومانف
مصطفي هاشمي 2018اسكراپي يا بيماري آنسفالوپاتي هاي اسفنجي شكل قابل انتقال (TES) يك بيماري عفوني كشنده گوسفند و بز است كه روي سيستم عصبي مركزي حيوان تاثير مي گذارد. اسكراپي در گوسفندان براي اولين بار در اروپا شناسايي شد كه ابتدا باعث كاهش توليد شير و ضعيف شدن حيوان شده و در نهايت مرگ حيوان را به دنبال دارد. ژن پروتئين پرايون (PRNP) روي كروموزوم شماره 13 گوسفند قرار گرفته و از 3 اگزون و 2 اينترون تشكيل شده است. تنوع ژنتيكي در ژن PRNP در كدون هاي زيادي مشاهده شده است اما وجود چندشكلي در برخي جايگاه هاي كدوني نادر بوده و تنها در 3 كدون مربوط به بخشي از اگزون شماره 3 (كدون هاي 136، 154 و 171) از اين ژن در ارتباط با وقوع اسكراپي گزارش شده است. در اين پژوهش، از 124 راس گوسفند ( 85 راس نؤاد مهربان و 39 راس نژاد رومانف) نمونه هاي خون جمع آوري شد و سپس استخراج DNA و كنترل كمي و كيفي آن انجام گرفت و با استفاده از يك جفت پرايمر اختصاصي يك قطعه 173جفت بازي )باز 498 تا 670 از توالي بخشي از اگزون سه( ژن پروتئين پرايون تكثير شد. با استفاده از تكنيك PCR-SSCP الگوي هاي باندي )چند شكلي ها( براي هريك از نمونه ها در جمعيت مورد مطالعه شناسايي شدند و بعد از توالي يابي جهش تك نوكلئوتيدي در جايگاه 625 (128 قطعه مورد مطالعه( اگزون 3 ژن مشاهده شد كه اين جهش در كدون 171 باعث تغيير اسيد آمينه آرژنين (R) به گلوتامين (Q) گرديد در اين مطالعه سه هاپلوتايپ ARR/ARR، ARR/ARQ و ARQ/ARQ شناسايي شد كه بيشترين فراواني مربوط به هاپلوتايپ مقاومت بالا به بيماري اسكراپي (ARR/ARR) بود. در گروه گوسفندان مهربان 61/2 درصد و در گوسفندان رومانف 46/15 درصد نمونه ها با داشتن ژنوتيپ ARR/ARR در دسته گوسفندان مقاومت بالا به اين بيماري قرار گرفتند. اطلاعات بدست آمده در اين پژوهش شايد بتواند براي برنامه هاي اصلاحي جهت كنترل اين بيماري در جمعيت گوسفندان ايران موثر باشد.
-
برآورد تنوع هاي ژنتيكي اتوزومال و وابسته به جنس براي صفات وزن بدن در گوسفند مغاني
پرستو محبي 2018ژن هاي وابسته به جنس (قرار گرفته روي كروموزوم X) بخش قابل توجهي از ژنوم را تشكيل مي-دهند، لذا ممكن است آثار قابل توجهي بر برخي از صفات كمي داشته باشتد. هدف از اين پژوهش بررسي تنوع ژنتيكي وابسته به جنس صفات وزن بدن در گوسفند مغاني بود. داده ها به كار برده شده شامل ركوردهاي وزن بدن گوسفندان مغاني بودند كه طي سال هاي 1374 تا 1394 در مركز تحقيقات و اصلاح نژاد دام جعفرآباد مغان در استان اردبيل جمع آوري شده بودند. ركوردهاي تصحيح شده براي سن، براي تجزيه دو مرحله هاي به كار برده شدند و ركوردهاي خام توسط مدل هاي تك مرحله-اي تجزيه شدند. به طور كلي، 23170 ركورد تصحيح شده توسط مدل هاي دو مرحله اي تجزيه شدند و 22158 و 11397 ركورد به ترتيب براي تجزيه توسط مدل هاي رگرسيون ثابت و رگرسيون تصادفي به كار برده شدند. آثار ثابت مؤثر بر صفات مختلف با تجزيه هاي مدل هاي خطي عمومي تعيين شدند، كه بر اساس نتايج به دست آمده، سال-فصل تولد، نوع تولد، جنس و سن مادر هنگام زايش به عنوان آثار ثابت در همه مدل ها و ضريب هم خوني به عنوان عامل همبسته براي وزن تولد و وزن از شيرگيري در مدل هاي دومرحله اي در نظر گرفته شدند. مدل هاي دو مرحله اي شامل تركيب هاي مختلفي از آثار تصادفي ژنتيكي افزايشي مستقيم (A)، ژنتيكي افزايشي وابسته به جنس مستقيم (S)، ژنتيكي مادري (G) و محيطي مادري (E) بودند. در مدل هاي رگرسيون ثابت، علاوه بر تركيب هاي مختلف آثار تصادفي ژنتيكي افزايشي مستقيم (A)، ژنتيكي افزايشي وابسته به جنس مستقيم (S)، محيطي دائمي (P)، ژنتيكي مادري (G) و محيطي مادري (E)، رگرسيون ثابت وزن روي سن بر اساس چند جمله اي هاي لژاندر درجه 3، 4 يا 5، نيز براي برازش ميانگين روند رشد در جمعيت در نظر گرفته شد. در مدل هاي رگرسيون تصادفي، علاوه بر يك تابع ثابت براي برازش ميانگين روند جمعيت، تركيب هاي گوناگون از توابع تصادفي براي برازش اثرات تصادفي ژنتيكي افزايشي مستقيم (A)، ژنتيكي افزايشي وابسته به جنس (S)، محيطي دائمي (P) و ژنتيكي مادري (G) و محيطي مادري (E) در نظر گرفته شدند، به گونه اي كه يك تابع چند جمله اي لژاندر درجه 4 و توابع درجه 3 يا 4 لژاندر به ترتيب، براي توابع ثابت و تصادفي به كار برده شدند. اجزاي واريانس با تجزيه هاي تك متغيره و چند متغيره مدل هاي دو مرحله اي و مدل هاي رگرسيون ثابت و رگرسيون تصادفي، به عنوان مدل
Thesis summary
-
اثر تزريق درون تخم مرغي لتروزل، عصاره هاي ريشه گزنه و سير بر تمايز جنسيت و عملكرد رشد جوجه هاي گوشتي
زينب باردل 2018 -
اثر جايگزيني ذرت با بوجاري گندم و تريتيكاله مكمل شده با انزيم زايلاناز بر عملكرد، صفات فيزيولوژيكي و كلسترول پلاسما و تخم مرغ در پولت هاي تخم گذار
نفيسه مرادي اورنگ 2017--
-
اثر سطوح مختلف سلنيوم بر عملكرد و برخي فراسنجه هاي شكمبه و پلاسما در بزهاي نر در حال رشد
فاطمه ابوالفضلي 2017به منظور بررسي اثر سطوح مختلف مكمل سلنيوم بر عملكرد، فراسنجه هاي متابوليكي و هماتولوژي، قابليت هضم مواد مغذي و برخي مواد معدني در بزهاي نر دو آزمايش طراحي گرديد. آزمايش اول شامل راس18 بز 5-4 ماهه بود كه بطور تصادفي به 3 گروه تقسيم شدند. تيمارها شامل: 1) گروه شاهد (جيره پايه بدون افزودن مكمل سلنيومي، كه حاوي 06/0 پي پي ام سلنيوم بود)، 2) جيره شاهد + 15/0 پي پي ام سلنيوم بصورت سلنيت سديم و 3) جيره شاهد + 3/0 پي پي ام سلنيوم بصورت سلنيت سديم) بودند. اين آزمايش 60 روز به طول انجاميد. بزها در روزهاي صفر، 15، 30، 45 و 60 وزن كشي شدند و خوراك مصرفي براي هر حيوان به صورت روزانه اندازه گيري شد. در روز هاي صفر، 30 و 60 آزمايش قبل از نوبت غذايي صبح از طريق سياهرگ وداج خونگيري صورت گرفت و فراسنجه هاي متابوليكي شامل: غلظت گلوكز، تري گليسيريد (TG)، كلسترول (CHOL)، ليپوپروتئين هاي با چگالي كم (LDL)، ليپوپروتئين هاي با چگالي بسياركم (VLDL)، ليپوپروتئين هاي با چگالي زياد (HDL)، پروتئين تام، آلبومين، گلوبولين، فعاليت آنزيم هاي آسپارتات آمينو ترانسفراز (AST)، آلكالين فسفاتاز (ALP)، آلانين آمينو ترانسفراز (ALT)كراتين فسفوكيناز (CPK)، غلظت هورمون هاي تري يدوتيرونين (T3) و تترايدوتيرونين (T4) سرم، فعاليت گلوتاتيون پراكسيداز (GPX) خون و همچنين فراسنجه هاي هماتولوژي (تعداد گلبول هاي سفيد، تعداد گلبول هاي قرمز، درصد هماتوكريت و غلظت هموگلوبين)و غلظت عناصر ، كلسيم (Ca)، فسفر (P)، روي (Zn)، مس (Cu) و آهن (Fe) پلاسما اندازه گيري شد. همچنين در انتهاي آزمايش قبل از نوبت غذايي صبح، به منظور تعيين غلظت آمونياك، مايع شكمبه اخذ شد. در آزمايش دوم 5 راس بز از تيمارهاي آزمايش اول، بطور تصادفي انتخاب و به قفس هاي قابليت هضمي انتقال يافت و قابليت هضم ظاهري مواد مغذي و Ca،P ، Zn، Cu و Fe اندازه گيري شد. تجزيه و تحليل داده ها با استفاده از نرم افزار SAS ، در قالب طرح كاملاً تصادفي با اندازه گيري هاي تكرار شده درواحد زمان صورت گرفت و مقايسه ميانگين ها با استفاده از آزمون چند دامنه اي دانكن انجام شد. بر اساس نتايج اين پژوهش ميانگين خوراك مصرفي روزانه و ميانگين وزن بدن بين تيمارها اختلاف معني داري نداشت (05/0P>) اما، ميانگين افزايش وزن روزانه در تيمار 3/0 پي پي ام بطور معني داري نسبت به شاهد افزايش يافت. تفاو
Thesis summary
-
اثر آنزيم پروتئاز بر راندمان مصرف پروتئين وجايگزيني كنجاله تخم پنبه با كنجاله سويا و جنبه هاي اقتصادي آن در جيره جوجه هاي گوشتي
مهدي صفري 2017چكيده: اين تحقيق به منظور بررسي اثرات جايگزين نمودن كنجاله سويا با كنجاله پنبه دانه با و بدون استفاده از آنزيم پروتئاز، بر عملكرد، قابليت هضم مواد مغذي به روش برون تني، خصوصيات لاشه ، مورفولوژي دستگاه گوارش و پارامترهاي خوني در جوجه هاي گوشتي از سن 1 تا 42 روزگي انجام شد. مجموعا 270 قطعه جوجه گوشتي يكروزه سويه راس 308 با وزن بدن اوليه 7/2 ±86/38 گرم بصورت آزمايش فاكتوريل 3×2 و در قالب طرح كاملا تصادفي و مشتمل بر 6 تيمار، 4 تكرار و 15 قطعه جوجه در هر تكرار اختصاص يافتند. تيمارها شامل: 1- تيمار شاهد (دانه ذرت و كنجاله سويا) و تيمارهاي 2، 3، 4، 5 و 6 به ترتيب حاوي 20 و 30 درصد جايگزيني كنجاله پنبه دانه با كنجاله سويا مكمل شده با آنزيم و بدون آنزيم پروتئاز طراحي گرديدند (آنزيم پروتئاز به مقدار صفر و 200 گرم در تن براي همه تيمارها اعمال گرديد). به منظور غير فعال سازي گوسيپول كنجاله پنبه دانه از سولفات آهن در جيره استفاده گرديد. جيره هاي آزمايشي بصورت دوره آغازين (1 تا 10 روزگي)، رشد (11 تا 24 روزگي) و پاياني(25 تا 42 روزگي) در نظر گرفته شد. خوراك مصرفي،تغييرات وزن بدن و ضريب تبديل غذايي به صورت هفتگي و دوره اي اندازه گيري شدند. خصوصيات دستگاه گوارش و قابليت هضم مواد مغذي در سن 27 روزگي اندازه گيري شدند. نتايج آزمايش نشان داد كه خوراك مصرفي، افزايش وزن بدن و ضريب تبديل خوراك در دوره هاي مختلف و در كل دوره تحت تاثير تيمارهاي آزمايشي قرار نگرفت (05/0 P> ). وزن اندام هاي گوارشي و لاشه در سنين 27 روزگي تحت تاثير تيمارهاي مختلف قرار نگرفتند. به جز سنگدان و پانكراس كه سطح 30 درصد جايگزيني كنجاله پنبه دانه با كنجاله سويا در سن 27 روزگي باعث افزايش وزن متمايل به معني دار (076/0 P=) آن ها نسبت به شاهد شد و همچنين آنزيم پروتئاز باعث كاهش معني دار وزن سنگدان و پانكراس شد (05/0 P< ). در ضمن استفاده از جيره شاهد بدون آنزيم سبب افزايش وزن متمايل به معني دار (075/0 P= ) پانكراس نسبت به جيره 30 درصد جايگزيني با و بدون آنزيم گرديد. در بررسي اندام هاي گوارشي در سن 42 روزگي، سطح 30 درصد جايگزيني افزايش وزن معني داري را در سنگدان نشان داد و سطح 20 درصد جايگزيني وزن سينه را بطور متمايل به معني داري افزايش داد و عدم استفاده از آنزيم پروتئاز باعث افزايش متمايل به معني دار(0588/0P=) طول دئودنوم
Thesis summary
-
بررسي چند شكلي ژن GPR54 و ارتباط آنها با توانايي توليدمثلي در گوسفندان مهربان
صدرالدين انواري مجد 2017هدف از اين تحقيق شناسايي چندشكلي هاي موجود در ژن GPR54 در گوسفند نژاد مهربان با كمك روش هاي چندشكلي تك رشته اي فضايي (SSCP) و توالي يابي مستقيم و بررسي تاثير ارتباط آن با ركوردهاي چندقلوزايي بود. ژن GPR54 به عنوان يكي از ژن هاي موثر بر باروري شناخته شده است كه در افزايش نرخ تخمك گذاري و چندقلوزايي موثر است. از تعداد 100 راس گوسفند نژاد مهربان به طور تصادفي نمونه خون تهيه و استخراج DNA به روش كيت از خون كامل انجام شد. در واكنش زنجيره اي پليمراز (PCR) با استفاده از پرايمرهاي اختصاصي در مرحله اول يك قطعه 923 جفت بازي منطقه تنظيمي ژن، يك قطعه 850جفت بازي اگزون و اينترون 1 و قطعه 925 جفت بازي اگزون و اينترون 2 و همچنين اگزون 3 ژن GPR54 تكثير شدند كه در ادامه از هر نژاد بصورت تصادفي دو نمونه مستقيما توالي يابي شدند. نتايج وجود 4 جهش تك نوكلئوتيدي در منطقه تنظيمي ژن و يك جهش تك نوكلئوتيدي در اينترون 1 را نشان داد. در مرحله دوم تحقيق براي بررسي دقيق تر جهش ها در منطقه تنظيمي ژن و همچنين بررسي احتمالي وجود جهش در مناطق ديگر ژن با استفاده از پرايمرهاي اختصاصي قطعه 295 جفت بازي بخشي از منطقه تنظيمي ژن، قطعه 321 جفت بازي اگزون 4 و همچنين قطعه 257 جفت بازي اگزون 5 ژن GPR54 تكثير شدند. در قطعه منطقه تنظيمي ژن چهار چند شكلي تك نوكلئوتيدي T→G، T→C، C→A و A→C در جايگاه هاي به ترتيب 74، 134، 153 و 249 جفت باز در دوالگوي متفاوت ازSSCP از ژن، يك چند شكلي A→C در جايگاه نوكلئوتيدي 106 جفت باز در اگزون 4 با دو الگوي متفاوت SSCP از ژن شناسايي شد كه منجر به تغيير يك اسيد آمينه گرديد. همچنين سه چند شكلي در سه الگوي متفاوت SSCP در اگزون 5 ژنGPR54، تك نوكلئوتيدي G→A و C→A به ترتيب در جايگاه هاي 160 و 175 جفت باز و يك جهش تك نوكلئوتيدي جايگزيني A با G در جايگاه 160 جفت باز شناسايي شد كه منجر به تغيير اسيدآمينه نگرديد. بررسي ارتباط بين ژنوتيپ ها با صفات توليدمثلي شامل تعداد بره در هر زايش (LS)، ميانگين وزن بره هاي متولد شده در هر زايش (ABWL)، ميانگين مجموع وزن بره هاي متولد شده (TBWL)، نشان داد كه چندشكلي مربوط به منطقه تنظيمي ژن، ارتباط معني داري با صفات توليدمثلي بررسي شده، نداشتند. چندشكلي هاي مشاهده شده در اگزون 4 و اگزون 5 ژن GPR54 رابطه ي معني دار با صفات توليدمثلي مورد مطالعه داشتند (05/0
-
اثر دانه كامل يا اسياب شده گندم و تريتيكاله در جيره بر پايه ذرت و كنجاله سويا مكمل شده با انزيم زايلاناز بر عملكرد، خصوصيات دستگاه گوارش و قابليت هضم مواد مغذي در بلدرچين ژاپني
ناهيد بختياري معز 2017هدف از انجام اين آزمايش، بررسي اثر دانه كامل يا آسياب شده گندم و تريتيكاله مكمل شده با آنزيم زايلاناز بر عملكرد توليدي، صفات كيفي تخم بلدرچين، خصوصيات دستگاه گوارش، قابليت هضم مواد مغذي و ويسكوزيته محتويات روده باريك در بلدرچين هاي تخم گذار بود. مجموعا 210 قطعه بلدرچين ژاپني تخم گذار در قالب طرح كاملا تصادفي بصورت آزمايش فاكتوريل 2+2×2×2 مشتمل بر 10 تيمار،3 تكرار و 7 قطعه بلدرچين در هر تكرار از سن 19 تا 24 هفتگي اختصاص يافتند. تيمارهاي آزمايشي بشرح ذيل در نظر گرفته شد: 1) تيمار شاهد شامل ذرت-كنجاله سويا بدون آنزيم، 2) تيمار شاهد شامل ذرت- كنجاله سويا با آنزيم، 3) تيمار گندم آسياب شده بدون آنزيم، 4) تيمار گندم آسياب شده با آنزيم، 5) تيمار گندم دانه كامل بدون آنزيم، 6) تيمار گندم دانه كامل با آنزيم، 7) تيمارتريتيكاله آسياب شده بدون آنزيم، 8) تيمار تريتيكاله آسياب شده با آنزيم، 9) تيمار تريتيكاله دانه كامل بدون آنزيم و 10) تيمار تريتيكاله دانه كامل با آنزيم. كليه تيمارها حاويصفر و 150 گرم آنزيم زايلاناز در تن بودند.ميزان تخم گذاري و وزن تخم بلدرچين بطور روزانه و خوراك مصرفي بصورت هفتگي ركوردبرداريشد. نتايج نشان داد كه در كل دوره آزمايش، صفات توليدي تحت تاثير نوع غله (گندم يا تريتيكاله) قرار نگرفتند (05/0P>). افزودن دانه كامل به جيره، خوراك مصرفي (0584/0=P) و ميزان تخم گذاري را بطور معني داري (05/0>P) نسبت به دانه آسياب شده افزايش داد ولي وزن تخم بلدرچين، توده تخم و ضريب تبديل غذايي تحت تاثير تيمارها قرار نگرفتند (05/0P>). افزودن آنزيم زايلاناز به جيره، اثر مثبتي را بر صفات فوق نشان نداد (05/0P>). شاخص زرده و رنگ زرده در جيره گندم نسبت به تريتيكاله افزايش معني دارييافتند (05/0>P). استفاده از دانه كامل در جيره، واحد هاو رابطور معني داري افزايش داد (05/0>P). وزن نسبي اندام هاي گوارشي تحت تاثير نوع غله، شكل خوراك و آنزيم قرار نگرفتند (05/0P>). pHژژنوم در تيمار دانه كامل نسبت به دانه آسياب شده بالاتر بود (05/0>P). مكمل نمودن جيره با آنزيم زايلاناز، موجب كاهش متمايل به معني دار pH سنگدان (0822/0 P=) و كاهش معني دار pH روده كور گرديد (05/0>P). افزودن دانه كامل به خوراك، انرژي قابل متابوليسم ظاهري و قابليت هضم ماده خشك جيره را افزايش داد (05/0>P). ويسكوزيته محتويات روده باريك
Thesis summary
-
بررسي توزيع فراواني كدون ها در ژنوم برخي حيوانات اهلي
زينب كافي 2017چكيده انسان و حيوانات اهلي قرن ها است كه از يك ديگر بهره مي برند و به رفاه يك ديگر كمك مي كنند. اين حيوانات در ورزش، ايجاد شغل، درآمد، تفريح و سرگرمي براي ميليون ها نفر مورد استفاده قرار مي گيرند همين امر باعث شده است كه در سال هاي اخيرمطالعات گسترده اي در زمينه ژنتيك و اصلاح نژاد حيوانات اهلي انجام شود. بديهي است داشتن اطلاعات بيشتر درباره ساختار ژنوم و نحوه عملكرد DNA، RNA و پروتئين كمك زيادي به انجام فرآيندهاي اصلاح نژادي مي كند. امروزه تجزيه و تحليل توالي ژنوم يكي از كارهاي رايجي است كه به وسيله رشته بيوانفورماتيك انجام مي شود، يكي از راه هاي اين آناليز در رشته بيوانفوماتيك مقايسه بين ژنوم هاي مختلف است. در ژنوميك مقايسه اي، كل ژنوم و يا بخش بزرگي از توالي ژنوم از نظر مشابهت هاي زيستي پايه، تفاوت ها و همچنين روابط تكاملي بين موجودات مورد مقاسيه قرار مي گيرند. در اين پژوهش ، به بررسي و مقايسه توزيع فراواني كدون ها در ژنوم هسته اي، ژنوم ميتوكندريايي و توالي mRNA برخي حيوانات اهلي پرداخته شده است. براي اين منظور توالي ژنوم هاي هسته اي، ميتوكندريايي و توالي mRNA حيواناتي از جمله مرغ، بوقلمون، گاو، گوسفند، بز، موش، موش صحرايي، اردك ماهي، ماهي تيلاپيا، ميمون و انسان از طريق بانك اطلاعاتي NCBI به دست آمد. فرمت فايل هاي به دست آمده به صورتFASTA بودكه پس از ويراش فايل ها توسط نرم افزار EmEditor، فراواني ظاهري همه توالي هاي سه تايي ممكن (كدون ها) با استفاده از بسته seqinr نرم افزار R شمارش شد، سپس فراواني هاي به دست آمده به درصد تبديل شد و به وسيله نرم افزارهايي چون SPSS و Excel مورد بررسي وتجزيه و تحليل قرار گرفت. در نهايت با توجه به اينكه اطلاعات ژنتيكي به شكل كدون ها يا به عبارتي توالي هاي سه نوكلئوتيدي هستند كه به اسيدهاي آمينه ترجمه مي شوند فراواني اسيدهاي آمينه در هر سه ژنوم با استفاده از نرم افزارهايي چون SPSS و Excelتجزيه و تحليل شد. نتايج نشان داد كه طول ژنوم هسته اي، ژنوم ميتوكندريايي و mRNA ها در حيوانات مختلف متفاوت است و طول ژنوم ميتوكندريايي در هر يازده گونه Kbp 16 است. برابري تعداد نوكلئوتيد هاي A با تعداد نوكلئوتيدهاي T و تعداد نوكلئوتيدهاي C با تعداد نوكلئوتيدهايG در ژنوم هسته اي و توالي mRNA همه حيوانات مورد مطالعه مشاهده شد اما اين برابري بين تعداد نوكل
-
اثر برازش آشيانه اي رگرسيون ثابت درمدل هاي رگرسيون تصادفي داراي توابع لژاندر براي تجزيه ژنتيكي صفات توليدي درگاوهاي هلشتاين
زهرا سالاري 2016اين پژوهش به منظور بررسي اثر برازش آشيانه اي تابع ثابت در مدل هاي رگرسيون تصادفي داراي توابع لژاندر براي تجزيه ژنتيكي توليد شير در گاوهاي هلشتاين انجام شد. در اين تحقيق از 56644 ركورد روز آزمون توليد شير مربوط به دوره شيردهي اول 6833 راس گاو شيري هلشتاين كه طي سال هاي 1380 تا 1394 (15 سال) توسط سازمان جهاد كشاورزي استان همدان جمع آوري شده بودند، استفاده شد. آماده سازي و ويرايش داده ها با نرم افزارهاي Excel، Access، Minitab، SAS و CFC انجام شد. در مدل هاي مورد بررسي اثرات گله- سال- فصل، تعداد دفعات دوشش و سن زايش اثرات ثابت بودند و اثرات ژنتيكي افزايشي و محيطي دائمي به عنوان اثرات تصادفي در نظر گرفته شدند. چند جمله اي هاي لژاندر با درجه هاي 3 تا 6 براي توابع ثابت و تصادفي مدل برازش شدند. تابع ثابت به يكي از شكل هاي برازش شده براي همه ي جمعيت، آشيانه اي در گله – سال - فصل يا آشيانه اي در تعداد دفعات دوشش برازش شد. واريانس باقي مانده به صورت ناهمگن در 6 كلاس در نظر گرفته شد. اجزاي واريانس و پارامترهاي ژنتيكي با الگوريتم ميانگين اطلاعات بيشترين درست نمايي محدود شده (AI-REML) با استفاده نرم افزار WOMBAT برآورد شدند. براي مقايسه مدل ها از معيارهاي اطلاعاتي آكائيك (AIC )، بيزين (BIC)، آزمون نسبت درست نمايي (LRT) استفاده شد. نتايج نشان دادند كه برازش آشيانه اي تابع ثابت در گله – سال – فصل بهترين روش برازش تابع ثابت در مدل هاي رگرسيون تصادفي براي تجزيه ژنتيكي توليد شير در جمعيت مورد بررسي است. بر اساس معيارهاي AIC، BIC و LRT، مدل داراي برازش آشيانه اي رگرسيون ثابت در گله – سال – فصل و توابع درجه 6، 3 و 6، به ترتيب براي تابع ثابت و توابع تصادفي ژنتيك افزايشي و محيط دائمي به عنوان بهترين مدل انتخاب شد. دامنه ي پارامترهاي ژنتيكي برآورد شده توسط بهترين مدل شامل وراثت پذيري از053/0 ( روز يك) تا 134/0 (روز 201)، ضريب محيط دائمي 353/0 (روز 14) تا 548/0 (روز 305) برآورد شدند
Thesis summary
-
چندشكلي ژن هورمون رشد شترهاي تك كوهانه ايران و ارتباط آن با برخي صفات فنوتيپي
محمود بجيده 2016ژن هورمون رشد از مهمترين هورمون ها در ساخت وساز و رشد سلول هاي بدن محسوب مي شود. هدف از اين مطالعه بررسي چندشكلي ژن هورمون رشد شترهاي تك كوهانه ايران، و ارتباط آن با برخي از صفات فنوتيپي است. در مطالعه حاضر چندشكلي ژن هورمون رشد در 100 نفر از جمعيت هاي شتر تك كوهانه ايران مورد ارزيابي قرار گرفت. اين جمعيت ها از مناطقي شامل: سمنان، قزوين، كرمان، بوشهر و قم به طور تصادفي انتخاب و خون گيري شدند. واكنش زنجيره اي پليمراز در اين ژن توسط پنج جفت پرايمر براي همه پنج اگزون و چهار اينترون ژن مذكور صورت گرفت كه چندشكلي در آن، طي دو روش PCR-SSCP و PCR-RFLP مورد بررسي قرار گرفت. در روش PCR-RFLP از دو آنزيم MSPI و HaeIII كه به ترتيب داراي جايگاه شناسايي و برش C^CGG و GG^CC هستند؛ براي مناطق پرايمري اول و چهارم اين ژن استفاده گرديد. بررسي چند شكلي به روش PCR-SSCP نيز براي تمامي مناطق پرايمري انجام پذيرفت. در نهايت جهت اطمينان از چندشكلي، محصولات PCR هر يك از مناطق پرايمري توالي يابي شد. بررسي ارتباط بين ژنوتيپ هاي مشاهده شده با صفات فنوتيپي ركوردگيري شده توسط نرم افزار SAS 9.4 انجام گرفت. نتايج اين پژوهش حاكي از حضور تنها يك چندشكلي (T419C) در اينترون اول اين ژن بود و در ساير اگزون ها و اينترون ها جهشي مشاهده نشد. اين جهش در الگوهاي SSCP و در روش PCR-RFLP توسط آنزيم MSPI مشاهده شد. جهش مشاهده شده در ناحيه اينترون اول قرار دارد كه منجر به تغيير هيچ اسيد آمينه اي نمي شود. اين جهش در هر پنج جمعيت مورد مطالعه شده مشاهده شد. در بررسي ارتباط بين صفات ريخت شناختي با ژنوتيپ هاي مختلف، تفاوت معنا داري (0.05 -
بررسي ارتباط ايندل ها در ژنوم بلدرچين ژاپني با برخي صفات رشد
وحيده حاجوي 2016پژوهش حاضر به منظور بررسي ارتباط ايندل ها در ژنوم بلدرچين ژاپني با برخي صفات رشد و شناسايي ايندل هاي مؤثر انجام شد. در اين پژوهش از ركوردهاي فنوتيپي صفات وزن تولد، وزن در سنين 7، 14، 21 و 28 روزگي، وزن لاشه و سينه در 28 روزگي مربوط به 77 قطعه بلدرچين استفاده شد. بلدرچين ها از گله هاي پرورش بلدرچين گروه علوم دامي دانشگاه تهران بودند. افراد جمعيت F1 و F2 حاصل از تلاقي دو لاين سبك وزن و سنگين وزن بودند. از نرم افزار EXCEL 2010 جهت ويرايش و آماده سازي داده ها استفاده شد. ارتباط بين ايندل ها با صفات رشد و همچنين تعيين ژنوتيپ هاي مؤثر بر صفات رشد با استفاده از مدل هاي خطي تعميم يافته و با كمك رويه GLM در نرم افزار SAS تجزيه و تحليل شد. در اين پژوهش اثرات جنس، هچ و كانتيگ بعنوان اثرات مستقل و صفات وزن يك، 7، 14، 21، 28 روزگي و وزن لاشه و سينه در 28 روزگي به عنوان صفات وابسته در مدل در نظر گرفته شدند. فراواني هاي آللي و ژنوتيپي ايندل هايي كه بر صفات رشد بلدرچين ژاپني مؤثر بودند (دو آللي و چند آللي) با استفاده از نرم افزار POPGENE Version 1.32 برآورد شدند و براي آن ها آزمون تعادل هاردي-واينبرگ آزمون انجام شد. نتايج نشان داد كه از بين 96 ايندل مورد بررسي20 ايندل با برخي از صفات رشد در بلدرچين ژاپني ارتباط داشتند. 6 ايندل بر صفت وزن يك روزگي، 2 ايندل بر صفت وزن هفت روزگي، 9 ايندل بر صفت وزن 14 روزگي، 9 ايندل بر صفت وزن 21 روزگي، 7 ايندل بر صفت وزن 28 روزگي، 2 ايندل بر صفت وزن لاشه در 28 روزگي و 5 ايندل بر صفت وزن سينه در 28 روزگي مؤثر بودند. در اين پژوهش تعداد 9 ايندل مؤثر، چند آللي بودند و تعداد 11 ايندل مؤثر، دو آللي بودند كه ايندل شماره 1023682 با 15 آلل بيشترين تنوع آللي را داشت. در كل ايندل ها، فراواني آللي در محدوده 008/0 تا 839/0 بود. همچنين تعداد قابل ملاحظه اي از ايندل ها داراي تعادل هاردي-واينبرگ در جمعيت نبودند.
Thesis summary
-
بررسي چند شكلي ژن kiss1 و ارتباط آن ها با توانايي توليد مثلي در گوسفندان مهربان
ژيلا رجبي 2016ژن Kiss1 به عنوان يكي ژن هاي مؤثر بر باروري شناخته شده است. در مطالعه حاضر چند شكلي هاي اگزون و اينترون 1 ژن Kiss1 و ارتباط آن ها با صفت توليد مثلي ( تعداد بره در هر زايش) با كمك روش هاي چند شكلي فضايي تك رشته اي (SSCP) و توالي يابي DNA در 100 ميش نژاد مهربان مورد ارزيابي قرار گرفت. در واكنش زنجيره اي پلي مراز يك قطعه 331 جفت بازي از اگزون 1 و يك قطعه 230جفت بازي از اينترون 1 ژن Kiss1 تكثير شدند. سه چند شكلي تك نوكلئوتيدي شامل: چند شكلي تك نوكلئوتيدي C→T در جايگاه نوكلئوتيدي 102، G→C در جايگاه نوكلئوتيدي 155 و همچنين چند شكلي تك نوكلئوتيدي در جايگاه نوكلئوتيدي 272 با 4 ژنوتيپ مختلف (چهار الگوي متفاوت SSCP) از اگزون 1 شناسايي شد كه منجر به تغيير دو اسيد آمينه گرديد. همچنين يك چند شكلي تك نوكلئوتيدي G→C در جايگاه نوكلئوتيدي 140 با دو ژنوتيپ (دو الگوي متفاوت SSCP) از اينترون 1 شناسايي شد. تعداد آلل موثر به همراه شاخص شانون و ني نشان داد كه گوسفندان نژاد مهربان در همه جايگاه هاي نوكلئوتيدي در اگزون و اينترون 1 چند شكل بودند در بررسي ارتباط بين ژنوتيپ ها با صفت توليد مثلي تعداد بره در هر زايش ژنوتيپ هاي مشاهده شده ارتباط معني داري با تعداد بره در هر زايش نداشتند. نتايج بدست آمده از مطالعه حاضر نشان داد كه اگزون و اينترون 1 ژن Kiss1 مي توانند براي انتخاب با كمك نشانگر-ها در گوسفندان مهربان مورد توجه قرار گيرند.
Thesis summary
-
مقايسه مدل هاي مختلط دامي و شبكه هاي عصبي مصنوعي براي پيش بيني ارزش اصلاحي در داده هاي واقعي و شبيه سازي شده
محمدرضا قاسمي راد 2016اين پژوهش به منظور مقايسه مدل هاي مختلط دامي و شبكه هاي عصبي مصنوعي براي پيش بيني ارزش هاي اصلاحي در شرايط مختلف وراثت-پذيري و ميزان كامل بودن شجره در داده هاي شبيه سازي شده و واقعي انجام شد. شبيه سازي داده ها تحت مدل بينهايت جايگاه ژني در نرم افزار R در چهار وراثت پذيري متفاوت (1/0 ، 3/0، 5/0 و 7/0) در 10 تكرار انجام شد. در نسل پايه 4000 فرد ايجاد شدند. در هر نسل به صورت تصادفي 50 نر و 500 ماده به عنوان والدين نسل آينده در نظر گرفته شد. براي هر مادر 3 فرزند و جنسيت فرزندان به صورت تصادفي به احتمال 50% در نطر گرفته شد. شبيه سازي تا 20 نسل ادامه يافت به گونه اي كه در هر جمعيت شبيه سازي شده 34000 فرد داراي شجره و ركورد ايجاد شدند. در تجزيه داده ها، ارزش هاي اصلاحي با شجره هاي كامل يا ناقص (نبودن 30 % درصد اطلاعات والدين)، با يك مدل مختلط دامي پيش بيني شدند. در اين مدل جنس و نسل به عنوان اثرات ثابت و اثر ژنتيكي افزايشي به عنوان اثر تصادفي در نظر گرقته شدند. همچنين، ارزش هاي اصلاحي با استفاده از شبكه هاي عصبي مصنوعي پرسپترون چند لايه، با نرم افزار NeuroSolutions 5 نيز برآورد شدند. در شبكه-هاي عصبي مصنوعي، داده ها به طور تصادفي به دو بخش (60% آموزش و 40% ارزيابي) تقسيم شدند. از الگوريتم پسا انتشار خطا با مدل مومنتيم، با تابع انتقال تانژانت هايبربوليك براي آموزش شبكه هاي عصبي مصنوعي استفاده شد. در اين فرآيند، نخست چندين شبكه (1 لايه با 4 گره، 1 لايه با 6 گره، 2 لايه با 3 گره و 2 لايه با 4 گره) بررسي شدند. با توجه به ميانگين مربعات خطا، شبكه ي داراي 1 لايه پنهان با 6 گره براي برآورد ارزش هاي اصلاحي و مقايسه با نتايج مدل مختلط به كار برده شد. ضرايب همبستگي ميان ارزش هاي اصلاحي واقعي و برآورد شده توسط مدل مختلط دامي و شبكه هاي عصبي مصنوعي، فنوتيپ و همچنين همبستگي هاي رتبه اي با فنوتيپ برآورد شده توسط شبكه عصبي مصنوعي با نرم افزار SAS 9.2 برآورد شدند. همچنين در داده هاي واقعي شامل ميانگين وزن تخم مرغ هاي بومي مازندران در سنين 28، 30 و 32 هفتگي، صفات توليد مثلي در گوسفند مهربان و ميانگين توليد شير در دوره اول شيردهي گاوهاي هلشتاين استان همدان، ارزش هاي اصلاحي توسط مدل مختلط برآورد شدند. سپس ارزش هاي اصلاحي و فنوتيپ داده هاي واقعي توسط شبكه هاي عصبي مصنوعي نيز برآورد شدند. براي
Thesis summary
-
جستجوي ايندل ها در ژنوم بلدرچين ژاپني
جواد قره غاني 2015بلدرچين ژاپني متعلق به راسته گاليفورم و خانواده فاسيانيده، علاوه بر توليد گوشت و تخم به عنوان يك حيوان آزمايشگاهي مورد توجه قرار گرفته است. جهش هاي ايندلي مسئول ايجاد شكاف در توالي هاي همتراز شده و همچنين يكي از منابع مهم تغييرات تكاملي در سطوح مولكولي مي باشند. در اين پژوهش با استفاده از نرم افزار CLC Genomic Workbench 7.5 با دنوو اسمبل DNA بخشي از ژنوم 78 نمونه بلدرچين ژاپني توالي مرجع در حدود 6/8 مگا باز با كانتيگ هاي منحصر به فرد 95 بازي ايجاد شد. سپس تك تك نمونه ها با اين توالي مرجع نقشه يابي شدند كه از بين اين 78 نمونه نقشه يابي شده در حدود 51 درصد خوانش ها با توالي مرجع همتراز و 49 درصد باقي مانده عدم همترازي را نشان دادند. در نهايت 1046 ايندل شناسايي شد كه از اين ميان حدود 75 درصد و 25 درصد به ترتيب به جهش هاي الحاقي و حذفي تعلق داشت كه درصد بالايي از ايندل ها در محدوده 5-1 جفت بازي قرار داشتند. فراواني هموزيگوتي و هتروزيگوتي در كل ايندل ها به ترتيب با تعداد 707 و 339 ايندل شناسايي شد كه در بين آنها جهش هاي الحاقي با طول 1 باز بيشترين فراواني را به خود اختصاص داده اند. تعداد 141 ايندل داراي توالي تكراري بود كه بيشترين طول توالي تكرار شونده در ايندل ها محدوده 6-1 جفت باز قرار داشتند هم چنين بيشترين فراواني نوكلئوتيدي در ايندل هاي يافت شده در مناطق تكرار شونده و غير تكراري به باز آدنين در جهش هاي الحاقي تعلق داشت. از سوي ديگر نسبت فراواني نوكلئوتيدي (A+T) به (G+C) در ايندل هاي يافت شده در مناطق غير تكرار شونده به ترتيب 53 به 47 درصد مشاهده شد. كه بالاترين تنوع نوكلئوتيدي در جهش هاي الحاقي جاي داشت. در نهايت به ازاي هر 2/8 كيلو باز يك ايندل (2/8 Kbp/ID =) و احتمال وقوع يك ايندل در هر جفت باز 0001/0 ( 4-10× 21/1= IDE/bp) مشاهده شد.
-
همساني ژنوم مرغ و بلدرچين بر اساس توالي DNA
مرتضي كريمي 2015بر خلاف مرغ كه اطلاعات ژنومي آن كامل است، اطلاعات ژنتيكي زيادي در رابطه با بلدرچين در دسترس نيست. با توجه به شباهت هاي ژنتيكي بلدرچين ژاپني با مرغ و تكميل نقشه ژنومي مرغ، توالي ژنومي تطبيقي آن و همولوژي مرغ با از جمله بلدرچين مي تواند مورد مطالعه قرار بگيرند و نقشه ژنومي آن تهيه شود. هدف از اين تحقيق بررسي همساني ژنوم بلدرچين ژاپني و مرغ بر اساس توالي DNA بود. براي اين منظور بخشي از توالي DNA ژنومي تعداد 78 قطعه بلدرچين ژاپني توالي يابي شده با روش توالي يابي چندگانه با دستگاه HiSeqTM 2000 سيستم ايلومينا و توالي ژنوم مرغ ثبت شده در سايت NCBI استفاده شد. مقايسه توالي DNA بلدرچين با ژنوم مرغ با نرم افزار CLC Genomic Workbench 7.04 انجام شد. با خود سرهم كردن توالي هاي DNA نمونه هاي مختلف بلدرچين ژاپني كه 1070 ميليون خوانش 95 بازي بود، 73/68 درصد از توالي ها همتراز شد. نتيجه بررسي ها نشان داد كه حجم توالي DNA تهيه شده مرجع خام بلدرچين Mb4/103 در 1023877 كانتيگ با متوسط طول bp 101 با متوسط همپوشاني 675 تكرار توليد شد. بعد از فيلتر كردن، توالي جامع معتبر بخشي از ژنوم بلدرچين به طول Mb 93/29 با همپوشاني حداقل 6 تكرار ايجاد شد. نقشه يابي توالي جامع تهيه شده بلدرچين بر روي توالي كل ژنوم مرغ (كروموزوم ها 1-28، W و Z) حدود 19/83 درصد همساني داشت. مجموع طول كل توالي بلدرچين نقشه يابي شده روي ماكروكروموزوم هاي مرغ برابر با 16160962 جفت باز بود كه اين مقدار برابر با 09/60 درصد ژنوم مرجع تهيه شده بلدرچين را تشكيل مي داد. ميزان شاخص همولوژي يا نسبت مشابهت ژنومي بين مرغ و بلدرچين ژاپني در كل ماكروكروموزوم ها بر اساس توالي DNA 59/76 درصد بدست آمد كه بيشترين نسبت مشابهت ژنومي بين مرغ و بلدرچين در روي ماكروكروموزوم هاي 3، 4 و Z به ترتيب برابر با 88/92، 23/92 و 11/83 درصد بدست آمد و كم ترين درصد مشابهت ژنومي در روي ماكروكروموزم جنسي W مرغ (55/10%) شناسايي شد. همچنين مجموع طول توالي بلدرچين نقشه يابي شده روي ميكركروموزوم هاي مرغ برابر با 10379482 جفت باز بود كه اين مقدار برابر با 62/38 درصد ژنوم مرجع تهيه شده بلدرچين را تشكيل مي داد. ميزان شباهت ژنومي يا شاخص همولوژي بر اساس توالي DNA در كل ميكروكروموزوم هاي مرغ و بلدرچين 80/55 درصد بدست آمد كه بيشترين نسبت مشابهت ژنومي بين مرغ و بلدرچين
-
مقايسه مدل هاي مختلف رگرسيون تصادفي لژاندر داراي ساختارهاي متفاوت واريانس باقي مانده براي برآورد مؤلفه هاي واريانس وزن بدن در گوسفند مغاني
محسن فرازنده شهركي 2015پژوهش حاضر به منظور مقايسه مدل هاي رگرسيون تصادفي داراي توابع لژاندر و ساختارهاي متفاوت واريانس باقي مانده براي برآورد اجزاي واريانس وزن بدن گوسفند مغاني انجام شد. داده هاي به كار برده شده در اين پژوهش شامل 10354 ركورد وزن بدن 63 تا 416 روزگي مربوط به 2931 رأس گوسفند مغاني بود كه در طي سال هاي 1373 تا 1392 در ايستگاه پرورش و اصلاح نژاد گوسفند مغاني واقع در شهرستان جعفرآباد مغان استان اردبيل جمع آوري شده بودند. نرم افزارهاي Excel، Access و Minitab جهت ويرايش و آماده سازي داده ها مورد استفاده قرار گرفتند. اثرات ثابت مؤثر بر وزن بدن با كمك تجزيه مدل هاي خطي تعميم يافته با نرم افزار SAS تعيين شدند. مدل هاي رگرسيون تصادفي به كار برده شده براي برآورد اجزاي واريانس، شامل اثرات ثابت گروه هاي هم دوره (سال تولد - فصل تولد - نوع تولد - جنس) و سن مادر هنگام زايش، يك رگرسيون ثابت براي برازش ميانگين تغييرات وزن بدن در جمعيت و رگرسيون هاي تصادفي براي برازش اثرات تصادفي ژنتيكي افزايشي مستقيم، محيط دائمي، ژنتيكي افزايشي مادري و محيط مادري بودند. در مدل هاي مورد بررسي، توابع لژاندر درجه 3 يا 4 براي رگرسيون ثابت و رتبه هاي رگرسيون هاي تصادفي ژنتيك افزايش مستقيم، ژنتيكي افزايشي مادري و محيط دائمي و رتبه 2 يا 3 براي رگرسيون تصادفي محيط مادري برازش شدند. مدل ها به صورت كامل يا كاهش يافته داراي دو يا سه اثر تصادفي برازش شدند. در مدل هاي كاهش يافته داراي سه اثر تصادفي، اثر محيط مادري و در مدل هاي كاهش يافته داراي دو اثر تصادفي اثرات محيط مادري و ژنتيكي افزايشي مادري از مدل حذف شدند. در همه مدل ها واريانس باقيمانده به صورت همگن يا ناهمگن در فاصله هاي زماني 10 روزه، يك ماهه يا سه ماهه در نظر گرفته شد. اجزاي واريانس با كمك نرم افزار Wombat برآورد شدند و مدل ها بر اساس معيار آكايك (AIC)، معيار اطلاعات بيزين (BIC) و آزمون نسبت درست نمايي (LRT) مورد مقايسه قرار گرفتند. ساختار واريانس باقيمانده در برخي از مدل ها برآوردهاي واريانس ژنتيك افزايشي مستقيم و مادري را تحت تأثير قرار داد، به گونه اي كه بيشتر تفاوت بين مدل هاي داراي ساختارهاي همگن و ناهمگن واريانس مشاهده شد. در مدل هاي ديگر، ساختارهاي متفاوت واريانس باقيمانده تأثيري بر واريانس ژنتيكي افزايشي مستقيم و مادري نداشتند. ساختارهاي واريانس باقيم
Thesis summary
-
بررسي اثر پري بيوتيك بايوماس بر جمعيت ميكروفلورهاي روده باريك و عملكرد مرغ هاي تخم گذار، هاي لاين 36-W
زهرا بهرامي 2014 -
تاثير سطوح مختلف روغن هاي اكسيده شده بر عملكرد و كبد چرب مرغ هاي تخمگذار
پرستو چراغي 2013 -
بررسي چندشكلي اگزون 4 ژن ESRI و اگزون 2 ژون GDF9 با روش PCR-SSCP و ارتباط آنها با توانايي توليدمثلي در گوسفندان مهربان و لري
رضوان صفاري پور 2013 -
ارزيابي چندشكلي اگزون هاي 1 و 2 ژن BMP15 با روش PCR-SSCP و ارتباط آنها با توانايي توليدمثلي در گوسفندان مهربان و لري
سارا ندري 2013 -
برآورد روندهاي ژنتيكي، فنوتيپي و محيطي برخي از صفات توليد مثلي در گوسفند مهربان
روح اله اصلاني 2013 -
ارزيابي چند شكلي اگزون هاي 1 و 2 ژن BMP15 با روش PCR-SSCP و ارتباط آنها با توانايي توليد مثلي گوسفندان مهربان و لري
سارا ندري 2013 -
مقايسه مدل هاي مختلف رگرسيون تصادفي با تركيب چندجمله اي هاي لژاندر و بي اسپلاين در برآورد مولفه هاي واريانس وزن بدن در گوسفند مغاني
محمدرضا مرادي 2013